قرر الرئيس المصري محمد مرسي تعيين المستشار محمود مكي نائبا لرئيس الجمهورية، ليصبح الرجل أول مدني يتولى هذا المنصب وثاني شخص يتولاه منذ أن عين الرئيس المصري السابق، حسني مبارك، عمر سليمان نائبا له في أيامه الأخيرة قبل تنحيه عن منصبه إثر ثورة 25 يناير. قبل تعيينه في هذا المنصب، شغل مكي منصب نائب رئيس محكمة النقض ورئيس لجنة متابعة الانتخابات في نادي القضاة، كما كان منسق حركة قضاة الاستقلال، كما قاد مظاهرات استقلال القضاء عام 2006. وكانت هذه المظاهرات تطالب بتعديل المادة 76 من الدستور المصري ليصبح اختيار رئيس الجمهورية بين أكثر من مرشح. التحق بالنيابة العامة وتدرج في مناصبه حتى وصل لنائب رئيس محكمة النقض. وعرف بمهاجمته تدخل السلطة التنفيذية ممثلة في وزارة العدل في عمل القضاة، ونادى بالاستقلال منذ عام 1986 خلال مؤتمر العدالة الأول الذي عقد في نادي القضاة أثناء تولي الراحل المستشار يحيى الرفاعي رئاسته. وكان من أبرز المنادين باستقلال القضاء ونزع تبعيته عن السلطة التنفيذية، وأحيل إلى مجلس تأديبي لإطلاقه مزاعم علنية عن تجاوزات في انتخابات عام 2005، وقضت المحكمة التأديبية التي أحيل إليها يوم الخميس 18-5-2006 ببراءته. يشار إلى أنه أثناء محاكمة مكي عام 2005 تضامن عدد كبير من جماعة الإخوان معه، وترافع عنه سليم العوا وعدد كبير من المحامين وحصل على البراءة من تلك التهمة وتم إعارته لدولة الإمارات ومنها إلى الكويت نائبا لرئيس محكمة النقض. وكانت ترددت أنباء مؤكدة بأن المستشار محمود مكي رفض عرضا قدمته الجماعة للترشح رئيسا في انتخابات رئاسة الجمهورية الماضية. ومن أبرز ما قاله المستشار محمود مكي كان بعد الحكم على الرئيس السابق حسني مبارك بالسجن المؤبد، حيث أكد أن حجج القاضي للحكم على مبارك كانت ضعيفة، لافتا إلى أن الحكم متناقض. وأوضح أن الحكم بالمؤبد على من أعطوا الأوامر بقتل المتظاهرين، يخالف الأحكام بالبراءة التي حصل عليها من نفذوا هذه الأوامر من لواءات في الداخلية، مشيرا إلى أنه في حال تم نقض الحكم واستئنافه سيحصل مبارك على البراءة.