اتهم رئيس مفوضية الاستفتاء، محمد ابراهيم خليل ،من وصفهم بمعارضي الاستفتاء بإثارة التوتر والتهديد برفع دعاوى قضائية في محاولة لاعاقة التصويت. ونقلت «رويترز»عن خليل قوله ان العاملين معه يتلقون شكاوى لا أساس لها من الصحة، بدا أنها صادرة عن مجموعة واحدة،موضحاً ان المفوضية تلقت شكاوى بعبارات متطابقة ولكن من جهات عدة، الا أن مصدر الشكاوى يبدو أنه واحد، وأكد أنها كلها لا أساس له من الصحة،ورأى أن الهدف منها هو اثارة توتر واظهار أن هناك أمراً خطيراً يجري،لكن خليل لم يحدد من يعتقد أنه وراء حملة الاعاقة. وشدد على أنه سيكون من الخطأ بالنسبة له أن يقول ذلك فهو محايد تماما، لكنه اشار الى انهم الاشخاص الذين يرعون خيار الوحدة ويريدون استمرارها. وقال خليل ان العديد من الشكاوى وبينها مزاعم سوء حالة الامن في مراكز التسجيل لا علاقة لها بالمفوضية، وان شكاوى أخرى لا تدعمها أدلة، وذكر أنه لا يعتقد أن هناك أي سند قانوني لاي طعن دستوري، وأنه اذا أراد شخص ما الاعاقة فإنه دائما ما يطعن. وأضاف أنه في حالة قبول الطعن فإن المتقدم به يمكنه بسهولة أن يطلب من المحكمة الدستورية تعليق الاستفتاء كله، وسيؤدي هذا الى المزيد من التوتر، وأنه قد يدخل السودان في مشاكل. الى ذلك، اعلنت مفوضية الاستفتاء عن تلقيها طلبات لمراقبة العملية من 64 منظمة محلية و 25 منظمة اجنبية. وقال رئيس قسم المراقبين بالمفوضية السفير سعيد سعد ،ان المفوضية وافقت على الطلبات المقدمة من قبل المنظمات الراغبة في مراقبة عمليات الاستفتاء لضمان نزاهة وشفافية مراحل الاستفتاء،مشيرا الى ان المفوضية عملت على تذليل العقبات التي اعترضت بعض المراقبين بمناطق جنوب السودان، بعد رفض مكتب جوبا السماح لهم بالمشاركة في عمليات المراقبة نسبة لعدم استخدام المستندات الخاصة من مكتب جوبا.