قررت مصر، وضع جنوب السودان على خريطة أولوياتها وعلاقاتها مع الدول الإفريقية، التي تحظى بدعم كبير، وفي مقدمتها دول حوض النيل ومنطقة البحيرات العظمى. وكشف مساعد وزير الخارجية لشؤون السودان، السفير محمد مرسي عوض، في تصريحات ،أنه بصدد وضع خطة متكاملة لمستقبل العلاقات بين مصر ودولة الجنوب الوليدة،واعلن أن القاهرة بصدد تسمية سفير جديد لهًا في جوبا خلال الأيام القليلة المقبلة، وأن من بين المرشحين لشغل هذا المنصب القنصل العام حاليًا الوزير المفوض مؤيد الضلعي،وأضاف أن خطة التحرك تجاه دولة الجنوب تشمل إرساء أسس العلاقات معها في جميع المجالات الاقتصادية والتجارية والتعليمية والثقافية وغيرها، بما يحقق مصالح البلدين ويلبي طموحات أبناء شعب الجنوب، بجانب دعم مصر للدولة الجديدة في إقامة المرافق والبنية التحتية، مع الأخذ في الاعتبار الظروف التي تمر بها مصر منذ الثورة. ولفت السفير محمد مرسي إلى أن هذا التحرك يستهدف وضع الأطر اللازمة التي سوف تستند إلى الموضوعية والرؤى المستقبلية، التي تلبي مصالح الطرفين، ودعم علاقات مصر بهذه الدولة المهمة في جميع المجالات، بجانب فتح آفاق الاستثمار المصرية بها. وعما إذا كان لدى القاهرة قلق من تأثر حصتها من مياه النيل، والتي من المقرر أن تنال دولة الجنوب جزءًا من موارد النهر، نفى السفير مرسي ذلك بشدة، مؤكدًا أن حصة الجنوب ستقتطع من حصة السودان، لكنه لفت في ذات الوقت إلى أن قضية المياه مازالت ضمن القضايا العالقة بين الشمال والجنوب، وأنها ستكون رهن التفاوض بين الجانبين، خلال الأيام المقبلة.