شددت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي، على أن الطلاب الجنوبيين الموجودين الآن في الجامعات الشمالية لا يحق لهم ممارسة أي نشاط سياسي ،باعتبارهم أجانب،بينما اكدت وزارة التربية والتعليم ولاية الخرطوم عن استمرار الطلاب الجنوبيين في الدراسة بمدارس الولاية ومعاملتهم كطلاب أجانب. وقال مسؤول الإعلام بالتعليم العالي أسامة محمد عوض، في تصريح للمركز السوداني للخدمات الصحفية، إن الطلاب الجنوبيين في الجامعات الشمالية سيظلون في جامعاتهم حتى التخرج، مشيراً إلى أن الطلاب الجدد ستتم معاملتهم معاملة الطلاب الوافدين ،واكد أن الطلاب الجنوبيين لا يحق لهم ممارسة أي نشاط سياسي في الجامعات الشمالية باعتبارهم أجانب ،موضحاً عدم وجود تعاون مباشر خلال العام الجاري مع دولة جنوب السودان فيما يختص بقطاع التعليم العالي . وأبان أن مسودة الاتفاقية التي تم رفعها من قبل الوزارة إلى دولة الجنوب في كيفية التعاون المشترك في قضايا التعليم العالي بين الدولتين لم تبد حكومة الجنوب فيها موافقة نهائية حتى الآن. من جانبه، قال مدير عام تعليم الأساس بولاية الخرطوم، محمد عبد القادر دارفور، إنهم قاموا بحصر الطلاب الجنوبيين بمدارس الولاية بعد الانفصال ،مبيناً أن الطلاب الجنوبيين الموجودين بالشمال يعتبرون طلابا أجانب وسوف يتم التعامل معهم على هذا الأساس. وأوضح أن طلاب منطقة أبيي ستتعامل معهم الوزارة بصورة طبيعية؛ لأن أمرهم يعتبر معلقا، مؤكداً أنهم سوف يجلسون لامتحان الشهادة السودانية لهذا العام.