نفت شركة النيل الكبرى للبترول مزاعم نشرتها بعض وسائل الإعلام، بأن الشركة أخفت بعض آبار النفط في منطقة امتيازها في جمهورية جنوب السودان، بينما بلغ عدد الآبار التي تديرها الشركة حوالى 320 بئراً. وأكدت الشركة في بيان صحفي صدر في جوبا، أن شركة النيل الكبرى لعمليات البترول، باعتبارها شركة عالمية وشركة نفط لها سمعتها، ظلت تدير بجدية جميع الآبار التي تقع ضمن امتيازها، كما أنها ظلت تحافظ على شفافيتها ودقتها في التقارير التي تقدمها لكل الأطراف المعنية على أساس منتظم ومن ضمنهم السلطات. وفقاً للجرد الحالي للآبار التي تديرها الشركة فإن هناك حوالي 320 بئراً في حقول منطقة الامتياز في جمهورية جنوب السودان. وأوضح البيان أنه وفقاً للجرد الحالي للآبار التي تديرها الشركة فإن هناك حوالي 320 بئراً في حقول منطقة الامتياز في جمهورية جنوب السودان وأن 145 من الآبار ال 320 ذات صلة بإنتاج النفط وأن 50 بئراً منها لضخ وإنتاج المياه في حين أن هناك 125 بئراً مهجورة وغير فعالة وتعتبر من الفئات الخاملة.