رغم مرور عام علي سقوط نظام الإنقاذ ماتزال الخلافات تسيطر على قوى الحرية والتغيير ، بدأ التململ بعد سقوط النظام مباشرة ، بعد عجزهم عن مناقشة القضايا الخلافية داخل قاعات الاجتماعات ، خرجت المشاكل الى العلن عبر البيانات التي نشطوا في اصدارها رافضين لبعض قرارات المكون العريض . قضايا خلافية : مراقبون نبهوا في حديثهم ل(السوداني) أن قوى الحرية والتغيير تجلس الآن علي صفيح ساخن ، مؤكدين أن توحدها فرضته ظروف مرحلية وهي اسقاط نظام الإنقاذ الذي حكم السودان ل30 عاما ، مشيرين الى أن الشارع كان يبحث عن منفذ او دليل فظهرت الحرية والتغيير وطرحت نفسها قائدا وقبلها الشارع ، لافتين الى أن الصراعات تفجرت بعد سقوط الانقاذ ، واستمرت رغم علمهم بأن الدولة العميقة ماتزال موجودة وتعمل على خلق الازمات الاقتصادية والسياسية لافشال المرحلة الانتقالية . القيادي بالحزب الشيوعي فتحي فضل أقر في حديث ل(السوداني) بوجود خلافات داخل مكونات الحرية والتغيير ، وقال إن اي اطار جبهوي يضم قوى سياسية وانتماءات ايدلوجية وطبقية مختلفة ، تحدث فيه مشاكل في اطروحات التنفيذ ، واضاف :الآن قوى الحرية والتغيير يحكمها برنامج محدد لتحقيق الحد الادنى لمسيرة الرؤية الجماعية للتجمع . فضل يشير الى أن الحرية والتغيير اتفقت أن يكون الحكم في السودان مدنيا ،لكن دخول العسكر في الحكم كان اول القضايا الخلافية التي ضربت المكون والبعض رأى ازاحته تماما ، موضحا أن الخلافات الاخرى ظهرت في طريقة تكوين الحكومة المدنية ، مستدركا : قد لا يكون هناك خلاف في بعض الشخصيات ، لكن تبين أن بعض الوزراء لم يلتزموا بإعلان الحرية والتغيير ، مثلا طالبت بعض القوى بإقالة وزير المالية ، فيما رأى آخرون استمراره في منصبه وابداء الملاحظات على عمله . فضل قطع بانه رغم الخلافات بالتحالف لكن حتى الآن لا توجد قضية تهدد استمراره ، وقال حتى حزب الأمة الذي جمد نشاطه البعض يرى امكانيه ارجاعه وآخرون قالوا (رجل برة ورجل جوة) ويمكن أن يغادر التجمع ، مؤكدا أن الحزب الشيوعي سيظل داخل الحرية والتغيير ويعمل على التوسيع الافقي ليشمل مكونات اخرى مثل لجان المقاومة وتيار الانتفاضة وغيرهما ، مشيرا الى أن حزبه طرح ضرورة مشاركة القوى المدنية في دارفور والنيل الازرق يجب أن يكون في الحرية والتغيير ، وانتقد تراجع بعض الاحزاب عن الالتزام بنسبة 40% لمشاركة المرأة . فترة مفصلية : محللون سياسيون اشاروا الى أن حرب البيانات داخل الحرية والتغيير دليل على أن تلك القوى ليس على قلب رجل واحد ، مستدركين : ان مكونات الحرية والتغيير تريد انجاح المرحلة الانتقالية باعتبارها فترة مفصلية في تاريخ السودان فإما سودان ديمقراطي او الفشل مما يعني عودة العسكر بإعلانه الانحياز لفئة من اجل امن ومصلحة البلاد . مراقبون اعتبروا ان تجميد حزب الامة لنشاطة (جس نبض) وانه يريد توسيع تحالفاته العقدية ، مؤكدين أن الحزب لن يخرج من الحرية والتغيير واعضاؤه في اللجان المختلفة مايزالون يمارسون نشاطهم.