كشفت زيارة تفقدية لمساعد الرئيس السوداني نافع علي نافع على مراكز التسجيل لاستفتاء جنوب السودان بالخرطوم، عن مشكلات تواجة التسجيل وشكا عدد من المواطنين من أن موظفي التسجيل رفضوا تسجيلهم بحجة عدم حصولهم على الهوية. واحتج عدد من المواطنين الجنوبيين استطلعتهم كاميرا الشروق، على منعهم من التسجيل وإلزامهم بمطالب أخرى غير وثائق إثبات الهوية. وقال المراقب الريفي ديفيد ميانق إن أي شخص ليس له إثبات هوية نتحدث معه باللهجة المحلية وإن تحدث معنا تثبت هويته. وقالت مراسلة الشروق بالخرطوم شمايل النور إن هناك ضعفاً على الإقبال على عملية التسجيل، وأضافت أن البعض لم يتمكن من التسجيل رغم حمله ما يثبت هويته.