انتهزت المعارضة السودانية الغارة الإسرائيلية على مدينة بورتسودان لتكيل انتقادات جديدة ضد الحكومة، معتبرة الهجوم محصلة نهائية لسياسات الدولة على مدى عقدين، والتي تركز على البقاء بمقاعد السلطة أكثر من الاهتمام بالسيادة الوطنية والأمن العام. وأورد تقرير للجزيرة أن الغارة الإسرائيلية على بورتسودان جاءت لتصب مزيداً من الزيت على نار لم تخب بين مكونات السياسة في البلاد، في وقت لجأت الحكومة لبداية حوار بينها وبعض القوى الرئيسية بالبلاد، تمهيداً لمرحلة جديدة سيخلفها رحيل الحركة الشعبية عن السلطة في الشمال بعد نحو شهرين. واعتبر المتحدث الرسمي باسم الحزب الشيوعي السوداني؛ يوسف حسين، الغارة الإسرائيلية التي أثارت جدلاً واسعاً محصلة نهائية لسياسات الحكومة على مدى عقدين من الزمن. التمسك بالسلطة واتهم يوسف حسين قيادات الدولة بسعيها الحثيث وراء السلطة وإبقاء الحزب متربعاً على عرش الدولة، قائلاً: "يهدفون للبقاء في السلطة أكثر من اهتمامهم بقضية السودان المحورية المتمثلة في أمنه العام". وقال إن كل جهود الحكومة مبذولة في حماية النظام وأفراده، وإن 70% من موازنة السودان تصرف على الأمن والدفاع: "لكن لقمع الشعب"، بحسب قوله. وذكر أن الحكومة ظلت تهمل مبدأ السيادة الوطنية لرضوخها لما يسمى بالحرب على الإرهاب، مشيراً إلى أن إعلانها بزيادة الاهتمام بشرقي البلاد "هو مثبط لهمم المواطن" أكثر من كونه محاولة لمعالجة جذور المشكلة. أما القيادي بحزب البعث العربي الاشتراكي التجاني مصطفى فاستبعد أن تكون الغارة هي الأخيرة على البلاد. اعتداءات قادمة وأرجع ذلك إلى أن قراءة الواقع في المنطقة تشير إلى أن السودان سيكون عرضة لاعتداءات متكررة، خاصة في ظل عدم الاستقرار في مصر، لافتاً إلى أن هناك إهمالاً كاملاً لحماية الحدود السودانية "ليس في الشرق وحده وإنما في اتجاهات أخرى فرض فيها الأجنبي واقعاً جديداً كاحتلال إثيوبيا لمثلث الفشقة السوداني". ومن جهتها طالبت نائبة الأمين العام لحزب الأمة القومي؛ مريم الصادق، بإجراء تحقيق كامل وشامل بشأن الحادثة التي تكررت أكثر من مرة "لأن من الواضح أن الأمن القومي أصبح في خطر عظيم". وقالت إن موقف حزبها من دعم القضية الفلسطينية لا يخالطه لبس "لكن ليس على حساب الأمن القومي السوداني" وأن تعتيم الدولة على الشعب السوداني "غير مبرر لأنه ليس هناك أي ضرورة للتساهل في أمر السيادة الوطنية". وتساءلت القيادية الحزبية عن صرف ميزانية الدفاع - التي تمثل نحو 70% من الموازنة العامة بالبلاد- "طالما ظل فاشلاً في ثلاث مرات في منع استباحة الأرض السودانية".