أكد النائب الأول للرئيس السوداني علي عثمان محمد طه أهمية المحافظة على أثرية مسجد الخرطوم الكبير وتطوير ما حوله ليكون قبلة تؤكد قدرة المجتمع السوداني على المضي في النهج الإسلامي بطريقة علمية تراعي التطور الحضاري. جاء ذلك لدى لقائ طه بمكتبه بالأمانة العامة لمجلس الوزراء رئيس لجنة تحديث واعمار مسجد الخرطوم الكبير بدر الدين طه. من جانبه أوضح بدر الدين أن المشروع يهدف إلى صيانة وتوسيع المسجد الكبير والنهوض به إلى مرحلة متقدمه. وأعرب عن أمله في إنجاح هذا المشروع الذي يعد منارة بالسودان تعبر عن النهج الحضاري في تحديث الأصول والاستمرار في تقديم الخدمة الدعوية بالسودان، حسب قوله. ووضع حجر الأساس لمسجد الخرطوم في 17 سبتمبر 1900م وتم إفتتاحه عند زيارة الخديوي عباس باشا حلمي للسودان في 4 ديسمبر 1901م. وما يميز مسجد الخرطوم الكبير الذي يتوسط المدينة هو مساحته الواسعة وبنائه المتين رغم عمره الطويل.