أعلنت أحزاب سياسية، بينها المؤتمر الشعبي، ترحيبها بالاتفاق على مصفوفة تنفيذ اتفاقيات التعاون المشترك بين دولتي السودان وجنوب السودان، واعتبرت المصفوفة خطوة إيجابية لبناء علاقات حقيقية. وطالبت بتوفر الإرادة السياسية لحسم قضايا أبيي والحدود والترتيبات الأمنية. ودعت الأحزاب القوى المعارضة والحركات المسلحة في جوبا والخرطوم للتوافق مع حكومتي البلدين من أجل الوصول إلى اتفاق حول القضايا الخلافية لمصلحة شعبي البلدين. وقال الأمين السياسي لحزب المؤتمر الشعبي، كمال عمر، للشروق: "أعتقد أنه يجب ألا تنحصر الهموم في بترول الجنوب فقط وإنما في إنسان الجنوب وفي رحلته شمالاً وفي الجنسية المزدوجة والتكامل الكامل الذي يفضي لتحقيق الوحدة بين طرفي الدولتين". وأكد كمال تأييدهم الكامل لمصفوفة الاتفاق وكل ما يفضي لتحقيق علاقة حقيقية مع الجنوب. وأضاف: "هناك أمهات القضايا وهي أبيي، الحدود، والترتيبات الأمنية وهي قضايا أساسية يمكن أن تحيل جميع الاتفاقيات للفشل، مما يتطلب إرادة سياسية". من جانبه دعا الأمين العام لمجلس أحزاب حكومة الوحدة الوطنية، عبود جابر، لتناسي المرارات دون الرجوع إلى الوراء لتمكين شعبي البلدين من العيش في سلام. وقال إن الترحيب الذي وجده توقيع المصفوفة من قبل المجتمع الدولي الذي حث الطرفين على الشروع في معالجة قضايا أبيي والحدود وفقاً لقرارات مجلس السلم والأمن الأفريقي، جاء موافقاً لرأي القيادات السياسية التي ترى ضرورة حسمها.