تباينت الآراء السياسية حول دعوة الصادق المهدي زعيم حزب الأمة، إلى تجاوز ثنائية نيفاشا في عملية الاستفتاء على مصير جنوب السودان بإيجاد طريق ثالث عبر البرلمان المنتخب، ورد الشريكان على المقترح بتمسكهما باتفاق سلام نيفاشا والدستور. وقال نافع علي نافع مساعد الرئيس السوداني نائب رئيس المؤتمر الوطني، مبدأياً لأي شخص المبادرة بما يراه مناسباً، وأرى شخصياً أن الفكرة مهما استساقها الناس لن تجد طريها للقبول، سواء كان من المؤتمر الوطني أم الحركة الشعبية، لأننا قطعنا شوطاً في قانون الاستفتاء، وأضاف: "نحن في المؤتمر الوطني ملتزمون نصاً وروحاً باتفاقية نيفاشا". إلى ذلك، قال دينق ألور وزير الخارجية السوداني، القيادي بالحركة الشعبية نحن متمسكون باتفاقية السلام الشامل ولا بد من استفتاء أهل الجنوب حول رأيهم في الوحدة أو الانفصال، وإذا فضلوا الوحدة يمكن أن نتحدث عن حكم بصورة أفضل يعطي لكل مواطن حقه. في غضون ذلك، قال صديق محمد إسماعيل الأمين العام لحزب الأمة القومي، إن تقرير مصير السودان تم من خلال البرلمان وإذا أجرينا انتخابات حرة نزيهة وجاءت بممثلين حقيقيين للسودانيين، فإن المقترح يكون مقنعاً، لذلك ندعو شريكي نيفاشا لقبوله.