كشفت مصادر مطلعة ل (حريات) بأن الصراع بين نافع علي نافع وصلاح عبد الله قوش، قد إندلع قبل أكثر من شهر من تفجر النزاع حول حوار مستشارية الأمن مع القوى السياسية. وارجعت المصادر أصل الخلاف الى مذكرة في المؤتمر الوطني تطالب بإقالة نافع عن قيادة الحزب، ويتهم نافع قوش بالوقوف خلفها. ويصف أصحاب المذكرة نافع بالعنجهية والتطرف وإستفزاز القوى السياسية المعارضة، ما قد يعجل بالثورة على النظام. ويبني نافع دفاعه على أن السودان لا يشبه بلدان الثورة العربية، وأن المعارضة ضعيفة ولا تستطيع قلب (تربيزة)، ويصف قياداتها بالشيخوخة، ويزعم تهافتها على المال، ويقلل كذلك من ثورة الشباب الذين يعتبرهم نافع مجرد (صعاليك مسطحين)، لا يستطيعون الصمود أمام جبروت الانقاذ و(الاسلام)، ويتهم الحركة الشعبية والحزب الشيوعي والمؤتمر الشعبي بالعمل على استغلالهم دون جدوى. ويتبنى نافع وتياره سياسة ارهاب وتخويف المعارضين، بالاعتقالات والتعذيب، ورغم أنه هذه أساليب يوافق عليها التيار الآخر، الا أنه يضيف اليها الوسائل السياسية والدبلوماسية، وهذه مما يفتقر اليه نافع ويأخذه عليه التيار الآخر. ومن الاسباب الأخرى التي قادت الى الأزمة بين الطرفين، مايعتبره (قوش) تعدياً على مجاله المفضل، اي جهاز الأمن، فبينما أطيح بقوش عن رئاسة الجهاز، وصارت علاقته به غير مباشرة، في المقابل صارت علاقة نافع بجهاز الأمن أكثر إنتظاماً ورسوخاً. حيث أشارت المصادر إلى أن نافع علي نافع صار هو رئيس جهاز الأمن الفعلي مستغلاً ضعف مديره الحالي الفريق محمد عطا، وقالت : (لقد ظل نافع يتلقى تقريراً أمنياً مساء كل يوم، ويذهب بنفسه إلى رئاسة جهاز الأمن ويستمع ويطلع على التقارير ويدفع بالتوجيهات والقرارات التي تتضمن التضييق على المعارضين، ولكنها تشمل ايضاً مراقبة هواتف وتحركات التيار الآخر في المؤتمر الوطني)