اتهم جنوب السودان حكومة الشمال بالعمل على فرض حصار تجاري واقتصادي وعزلة كبيرة عليه بوقف عملية انسياب السلع الغذائية عبر الحدود والرحلات الجوية، في وقت يشكو فيه أصحاب شركات الطيران من أزمة واجهتهم بسبب قرار وقف نقل السلع التموينية إلى جوبا وسط توتر بين الدولة الجديدة والدولة الأم. إلى ذلك، أكد مسئول اقتصادي سوداني تقدم مباحثات الخرطوموجوبا حول الديون الخارجية واقتراب التوصل لاتفاق بين الطرفين. وكشف مدير موانئ جنوب السودان جاكوب دانيال عن معالجات عاجلة أجرتها حكومة الجنوب لتقليل الصدمة الاقتصادية بسبب (الحصار الاقتصادي الشمالي، فيما قدمت جوبا تسهيلات كبيرة للتجار في الجنوب لاستيراد سلع من دول جوار أفريقية وفتح الحدود مع كينيا وأوغندا وإثيوبيا لتدفق حركة التجارة). وقال الأمين العام للحركة الشعبية الأستاذ ياسر عرمان: (المؤتمر الوطني يريد أن يسقط حكومة سلفا كير ويكون حكومة للجنوبيين على طريقة ما كان يحصل بين بيروت ودمشق في سبعينات القرن الماضي)، وأضاف: (هناك أيضا تجربة قطاع غزة وإسرائيل)، منوها ب(إغلاق الحدود بين الجنوب والشمال ووقف حركة البضائع والتجارة لحصار الجنوب).