انتقد شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب هجوم السلفيين على الأضرحة ومقامات الأولياء، مؤكدًا أن هذه العمل يخالف صحيح الإسلام وأن الأزهر سيبقى أشعري المذهب ومحافظًا على الفكر الصوفي الصحيح الذي انتمى إليه عشرات من شيوخ الأزهر على مدى تاريخه. واكد أنه لا يؤمن بالإقصاء لأي طرف من الأطراف الدينية الموجودة في مصر، وخاصة التيارات السلفية، مشددًا على ضرورة قيام حوار مع هذه التيارات في ظل الظروف الراهنة للوقوف على أرضية مشتركة تخرج بالبلاد إلى بر الأمان. وأشار إلى أن حواره مع الإخوان يأتي في إطار مقتضيات العمل الإسلامي، موضحاً أن التجاوب الفكري بين الأزهر والتيارات الدينية الأخرى مهم، خاصة أن الأزهر يعد الأم الحاضنة والمأمونة لباقي التيارات التي تمثل وسطية الإسلام، وينبغي أن نلجأ إليها في تحديد قسمات العمل الذي يجب أن يسود على الساحة المصرية والإسلامية. وقال أن من ثمار الثورة المباركة أنها أتاحت لنا جواً من الحرية السياسية والعلمية والثقافية لتجعلنا أكثر حيوية وعطاء للأمة، منبهًا على أن النظام البائد كان يمثل قطيعة بين الأزهر والتيارات الأخرى سواء من الإخوان أو السلفيين. وأضاف أنه على الرغم من نقده للسلفيين فإنه يؤمن بضرورة التحاور معهم وعدم إقصائهم، مشيرًا إلى أن لقاءه بالدكتور أسامة عبد العظيم أحد قيادات التيار السلفي أدى للوصول إلى نقاط كثيرة للتعاون المشترك. وقال شيخ الازهر ان عقيدة الأزهر الشريف هي عقيدة الأشعري والماتريدي وفقه الأئمة الأربعة وتصوف الإمام الجنيد، وأن السلفيين الجدد هم خوارج العصر محذرًا من وجود مخطط لاختطاف الفكر والمنهج الأزهري الوسطي المعتدل الذي حافظ الأزهر عليه لأكثر من ألف عام. إلا أن الأيام القليلة الماضية شهدت عددًا من الفتاوى الأزهرية غير المتسقة مع تيار الوسطية الأزهري، أثارت القلق في المناخ الأزهري بعد النشاط الملحوظ للتيارات السلفية من خلال إقامة العديد من الندوات في جامعاته بشتى محافظات الجمهورية، والتي حاضر فيها قيادات بارزة للتيار السلفي، على رأسهم الشيخ محمد حسين يعقوب وأبو إسحاق الحويني وياسر البرهامي وحازم شومان ود. أسامة عبد العظيم أستاذ الفقه بجامعة الأزهر المحسوب على التيار السلفي رغم كونه من علماء الأزهر. وفي أسابيع قليلة شهد الشارع المصري فتوى بوجوب مقاطعة رجل الأعمال المصري القبطي نجيب ساويرس بدعوى استهزائه من المسلمين، وأفتى باحث إسلامي أزهري بجواز حق ولي الدم في القصاص حيال عجز القانون عن رد حقه.. وغيرها من الفتاوى ذات الرائحة السلفية، خرجت من حصن الوسطية الإسلامية، الأزهر الشريف ودار الإفتاء المصرية. وكان نشاطًا سلفيًا ملحوظًا في جامعة الأزهر قد آثار مخاوف أساتذة المؤسسة العريقة التي اشتهرت بالمنهج الوسطي، إيمانا بضرورة نشر سماحة الإسلام ومحاربة الغلو والتطرف والفتاوى المستوردة من الخليج ذات المرجعية السلفية المتشددة. وجاءت هذه المخاوف بعد انتشار الطلاب المنتمين للتيارات السلفية بكثافة في الجامعة وتنظيمهم لندوات كثيرة، ما أدى إلى غضب بعض أساتذة الأزهر، متسائلين: “كيف يسمح لهذه التيارات بنشر فكرها المتشدد داخل أروقة الجامعة وعلى مسمع ومشهد من المسؤولين، رغم تصريحاتهم بمحاربة هذه الأفكار؟”، منددين بأن يحاضر أناسًا لا دخل لهم بالأزهر ولم يتعلموا فيه، بل إنهم يحاربون وسطيته ويريدون هدمه، في الوقت الذي لا يسمح فيه بإقامة هذه الندوات لأبناء الأزهر أنفسهم، بحد قولهم. هذا وكان أحد رموز التيار السلفي وهو د. أسامة عبد العظيم الأستاذ بجامعة الأزهر، افتى بتحريم المظاهرات التي شهدها ميدان التحرير أيام الثورة، مؤكدًا خلال ندوته بالمدينة الجامعية للأزهر، أن تلك المظاهرات كانت خروجًا على الحاكم وهو ما يحرمه الشرع، وزعم بأن المظاهرات تضمنت اختلاطًا واضحًا بين الرجال والنساء يساهم في وقوع عدد من حالات التحرُّش الجنسي وترك الصلاة !