ذكر أحمد أبو الغيط، وزير الخارجية المصرى خلال اجتماع لجنة مصر والعالم بالحزب الوطنى الحاكم في مصر ، أن استقرار السودان بوصفه قضية أمن قومي لمصر من اهم التحديات التي تواجه الدبلوماسية المصرية . مشيرا إلي أن المسائل السودانية ومشكلة انفصال الجنوب عن الشمال لا تحل بالحرب ولكن بالمفاوضات وأن مصر طرحت منذ فترة طويلة، وأثناء زيارة الرئيس مبارك، فكرة الكونفيدرالية لمعالجة التناقضات الداخلية وبوادر العنف بين الشمال والجنوب.. وكان الهدف رأب الصدع بين الطرفين خاصة أن الكونفيدرالية تحقق طموح الجنوب الذى سوف يتمتع بجيش مستقل وتمثيل خارجي مستقل ونظام ضرائبى موحد للجميع. وقد أوضح الوزير أنه لا يرى مشكلة في استقلال الجنوب وأنه لن يؤثر على حصة مصر من المياه لأن اتفاق 1959 ينظم تقاسم المياه بين مصر والسوادن حيث تحصل مصر على 55.5 مليار متر مكعب من المياه والسودان على 18 مليار متر مكعب والجنوب كدولة مستقلة سوف تأخذ التزاماتها من الدولة الأم. وأكد أن مصر تساعد الجنوب فى استثمار المياه بإقامة السدود اللازمة للتنمية الزراعية والثروة السمكية والكهرباء، وأنها حريصة على تكثيف وجودها في السودان .