رغم الجهود التي تبذلها إدارة مطار الخرطوم الدولي ، لتقديم خدمات جيدة للمسافرين والعائدين وحتى الموظفين بالمطار ، يعاني المسافرون الى خارج البلاد مشكلة كبيره تختص بتعطل (دورات مياه ) صالة المغادرة وإغلاقها لغرض الصيانة . (دورات المياه ) بالمطار يستخدمها المسافرون بشكل كامل ، وذلك بحكم الانتظار الطويل داخل صالة المغادرة ، او في ردهات المطار ، واستغرب عدد من المسافرين أنهم عندما يسألون عن مكان (الحمامات) يتفاجأون بأنها معطلة ، ويتم توجيهم بالذهاب الى صالة كبار الشخصيات وتلك الدخول لها غير مسموح إلا بعد إبراز بطاقة شخصية ، او الى صالة السفريات الداخلية ، وهذا الامر فيه إهدار للوقت . تلك من الملحوظات السلبية والسيئة التي يلحظها المسافر في المطار ، فهذا الامر يعطي انطباعا سيئا لان صالات المطار بشكل عام هي واجهة البلد، وأول مرحلة يمر بها زوار البلاد المسافرين الى بلدانهم ، ولعل موضوع بسيط مثل هذا حتى وإن كان في مرحلة الصيانة يعكس صورة سيئة ويجب معالجته بشكل جدي والاهتمام به بشكل لائق.