ظل المركز داعماً للتنمية بالجنوب، فقد أنشأ صندوق دعم الولايات الجنوبية قبل توقيع السلام، وكان يعني بتأهيل البنيات وإعادة إعمار المرافق الحيوية، وقبل ذلك ومنذ بدء أنشطة استثمار البترول كانت التنمية أجندة مصاحبة لمناشط وزارة الطاقة في مناطق الاستكشاف والتعدين، بدءاً من إنشاء الطرق ومصادر المياه والخدمات الصحية والتعليمية. صندوق دعم الوحدة امتداداً واستكمالاً لعمل صندوق دعم الولايات الجنوبية الذي كان يقدم الدعم للولايات الجنوبية والولايات المتأثرة بالحرب، أصدر السيد رئيس الجمهورية مرسوم جمهوري 15/6/2008م، بإنشاء صندوق دعم الوحدة بغرض تمويل المشاريع المشتركة التي تشمل مشروعات الربط بين الشمال والجنوب خاصة مشروعات الطرق البرية والسكك الحديدية والنقل النهري والجوي، وتنمية مناطق التمازج على طول الشريط الحدودي بين الولايات الشمالية والجنوبية. اتفاقية السلام وعاء الوحدة تعتبر اتفاقية السلام نفسها مما أشتملته من برتوكولات قسمة السلطة والثروة أكبر وعاء لمشروع الوحدة الكبير، ومن أبرز سماتها التي عززت ذلك إذ نصت علي قسمة الوظائف الدستورية والتشريعية،وتوظيف أبناء الجنوب في كافة وظائف الدولة، بما شمل الأمن والقوات المشتركة والشرطة والخارجية وبقية كافة قطاعات الخدمة المدنية، إدماج النازحين أبناء الولايات الجنوبية في الخطط الإسكانية في العاصمة والولايات الشمالية. وأكبر من ذلك كله إجازة دستور البلاد ليستوعب كل أنماط القسمة والدعم والعمل السياسي، وقد شملت عمليات الدعم المباشر من المركز كافة قطاعات الخدمات والبني التحتية. في مجال المياه: -نفذت وحدة السدود مشروعات مائية في الجنوب مرحلة أولى (38) مليون دولار، مرحلة ثانية (35) مليون دولار، مرحلة ثالثة سدود (600) مليون دولار. -تنفيذ مشروع مياه الرنك. -تنقية مياه جوباوملكال واو بالأوزون. -تأهيل محطة مياه ملكال. -دعم معدات محطة مياه جوبا بكلفة نصف مليون دولار. في مجال الكهرباء: تنفيذ الخط الناقل (جبل أولياء، ربك، الرنك بطول 460 كيلو متر)، بناء وتركيب محطة كهرباء الرنك بتمويل من وزارة الطاقة والتعدين الاتحادية، تأهيل شبكات الكهرباء والمياه، في الجنوب بعشرة ملايين دولار. في مجال الطرق والمطارات والموانئ: - إنشاء طريق ملكال السوباط بطول 421 كيلو متر وتكلفة 81 مليون دولار. - تأهيل خط سكة حديد واو بابنوسة. - تطهير مجرى النيل وتسييررحلات منتظمة والتصديق بالنقل النهري التجاري للمستثمرين فيه طريق السلام الرنكملكال. - إنشاء مطار ملكال. - إنشاء كوبري السوباط. - إنشاء ميناء كوستي الجاف. - مساهمة المالية الاتحادية الطرق الداخلية داخل مدينة جوبا (23.5) مليون دولار. - مساهمة هيئة الطيران المدني في إنشاء الطرق الداخلية لمدينة جوبا بقيمة (8) مليون جنيه. في مجال النقل الجوي: تسيير سودانير خط طيران الخرطومملكالجوبا واو برحلات يومية، وتسييرها سودانير رحلات مباشرة إلى جوبا من بورتسودان وأديس وكمبالا وتسيير شركات وطنية رحلات يومية لجوبا، ملكال وواو. في مجال الإعلام والاتصالات: - نشر كل من سوداتل وسوداني لخدماتها بالجنوب. - تغطية إرسال الإذاعة والتلفزيون القوميين لمناطق الجنوب. - إرسال كل من الإذاعة والتلفزيون مراسلين لتغطية أخبار الجنوب. في مجال المباني والدعم الإداري: - دعم مباشر من الصندوق القومي للولايات 10 مليون دولار، في مجالات القضاء، التعليم، الشرطة، -- الزراعة والحكم. - إنشاء مباني جهاز الأمن والمخابرات الوطني. - إنشاء إستاد ملكال. - تكملة إستراحة مدينة ملكال. - تكملة إستراحة مدينة تركاكا. - صيانة استراحات مدينة واو. - إنشاء (52) وحدة إدارية (تتكون كل وحدة من مدرسة ومستشفى ريفي ومبانٍ إدارية، و سكنية للعاملين في المجمع، بكلفة المشروع مليار و 500 مليون دينار). - تأهيل المرافق الحكومية بمدينة جوبا بتكلفة (396) مليون دينار. في مجال الصحة: - تنفيذ مجمع العمليات الطبية في واو. - تأهيل غرفة عمليات مستشفى الرنك بواسطة وزارة الصحة الاتحادية. - مدرسة المساعدين الطبيين في ملكال. - دورات تدريبية للقابلات. - تمويل مستشفى رمبيك بقروض من الحكومة الصينية. - دعم مستشفيات الولايات الجنوبية بعدد (1000) سرير ومرتبة. في مجال التعليم: - استضافة جامعات الولايات الجنوبية في الخرطوم. - دعم معامل جامعات الولايات الجنوبية. - دعم رسوم (3) آلاف طالب من الجنوب في الجامعات بلغت (210) مليون جنيه. في مجال الزراعة: - دعم وزارة الزراعة الاتحادية الجنوب بعدد خمسة وخمسين جراراً. - تدريب زراعين وبيطيريين تدريب مدربين. - توفير بذور ومعدات زراعية. ورغم ضخامة المشروعات المنفذة الا أن أوجه الدعم مستمرة ومتعددة طيلة السنوات الماضية بما يؤهل مشروع الوحدة ويمهد لنهضة تنموية، ما ذكر من دعم في المجالات المختلفة جهد لا تخطئه العين ويعد امتدادا لما ظل المركز يوليه من عناية بالولايات الجنوبية خلال الحقب المختلفة.