قطع حزب المؤتمر الوطني بقبوله بنتائج الاستفتاء وحدة أو انفصال شريطة أن يكون الاستفتاء حراً وشفافاً ونزيهاً. وأوضح عضو المكتب القيادي بالمؤتمر الوطني د. نزار خالد محجوب في تصريح ل(smc) أن عملية استفتاء جنوب السودان الإجراءات والترتيبات بها معقدة ومتوقع وقوع أخطاء إدارية وفنية ولكن سيتم الاعتراف بنتائجه إذا عبّر عن إرادة الجنوبيين وحقق مصيرهم شرط أن يكون شفافاً وحراً ونزيهاً. وأبان ان قانون استفتاء جنوب السودان أقر بإجماع الشريكين والقوى السياسية الجنوبية والمجتمع الدولي بث الطمأنينة للمواطن الجنوبي لكي يختار موقفه وحدة أو انفصال بعيداً عن أساليب التهديد والمضايقات السياسية. وقلل محجوب من اتهامات الحركة الشعبية للمؤتمر الوطني بتزوير الاستفتاء وتحريض الجنوبيين بعدم التسجيل في كافة المراكز معتبراً ذلك جزءاً من حالة التردى السياسي الذي تعانيه الحركة في اتخاذ المواقف الحاسمة والنهائية تجاه الاستفتاء.