إنتقدت منظمة العفو الدولية الأربعاء 3 اكتوبر، عدم رد حكومة جنوب السودان على إنتهاكات مروعة لحقوق الإنسان، ارتكبتها قوات الأمن التي تقوم بحملة لنزع الأسلحة في ولاية جونقلي. وقالت اودري جوجران مديرة فرع افريقيا في منظمة العفو، في بيان "بدلاً من إرساء الأمن في المنطقة، ارتكبت قوات الجيش الشعبي والشرطة، انتهاكات مروعة لحقوق الإنسان، بينما لا تبذل السلطات الكثير لوقف تلك التجاوزات". واعتبرت المنظمة أن على جنوب السودان إتخاذ إجراءات فورية لوقف إنتهاكات حقوق الإنسان، وما ترتكبه قوات الأمن من تعذيب وإغتيال وعنف جنسي، في سياق حملتها لنزع أسلحة المدنيين في ولاية جونقلي. وقد شهدت جونقلي وهي أكبر ولاية في دولة جنوب السودان المنفصلة عن السودان الأم منذ يوليو 2011، شهدت أعمال عنف قبلية نهاية ديسمبر يناير، وهاجم نحو ستة الف قبيلة اللو نوير قرى قبيلة المورلي في منطقة البيبور، وأسفرت تلك الهجمات والرد عليها عن سقوط أكثر من (900) قتيل حسب الأممالمتحدة. وتعرض الجيش الشعبي لتحرير السودان، الى انتقادات شديدة لقمعه العنيف للمدنيين. وفي نهاية أغسطس إتهمت الأممالمتحدة "عناصر خارجة عن السيطرة" في قوات الأمن الجنوبية بجرائم إغتيال وتعذيب -ضرب وايهام بالغرق- وإغتصاب وخطف في جونقلي، استهدفت خصوصاً نساء واطفالاً. وفي نفس الفترة نددت منظمة هيومن رايتس ووتش بضرب وتعذيب وإطلاق رصاص على المدنيين، لحملهم على تقديم معلومات حول أماكن الأسلحة.