أصدر مجلس السيادة الإنتقالي، قراراً بالرقم (544 لسنة 2020م) بإلغاء القرار القاضي بتخصيص القطعة رقم(2) مربع (7) حي الشاطئ شرق الخرطوم لصالح الصندوق القومي لرعاية الطلاب وإعادة تسجيلها باسم جامعة الخرطوم. ووجه القرار، جميع الجهات المختصة وضع القرار موضع التنفيذ مع سريانه من تاريخ التوقيع عليه، على أن تبدأ فوراً إجراءات تعديل السجل بمصلحة الأراضي. وسبق أن أصدر رئيس الوزراء، عبد الله حمدوك، قراراً بالرقم 444 لسنة 2020م قضى بإلغاء القرار الجمهوري الصادر في العام 2010م إبان عهد النظام البائد والذي نزع القطعة المذكورة من جامعة الخرطوم وخصصها للصندوق القومي لرعاية الطلاب. وتشمل القطعة المذكورة داخلية البركس، عيادة الجامعة المبنى القديم والجديد، عمادة الطلاب، مسبح البركس، دار اتحاد الطلاب، عيادة العيون، وحدة الطب النفسي.