إختلف العقيد ابراهيم شمس الدين وزير الدولة بوزارة الدفاع وقتها مع قادة الانقاذ الوطني في الطريقة التي يتم بها إدارة الدولة و ملفات الفساد التي فاحت رائحتها النتنة حتي اصبحت تزكم الانوف، و كلما جلس مع السفاح البشير يوعده بحسم الامر و معاقبة المفسدين و لكنه مواعيد البشير كانت دائما كمواعيد عرقوب . حسم العقيد ابراهيم شمس الدين امره و قرر القيام بثورة تصحيحية وفق فهمه و حينها وضع خطتان الاولي تعرف بالف و الثانية تسمي ب ففي حالة فشل الاولي ينفذ الخطة ب و الخطة الف تتلخص في الاستعانة; بالدفعة 40 كلية حربية، و الدفعة 40 هي أول دفعة في من الحركة الاسلاموية و العقيد ابراهيم سمس الدين يعتبرالاب الروحي لهذه الدفعة من بداية المعاينات حتى التخرج و التوزيع في الوحدات العسكرية المختلفة، و كانت تلك الدفعة برتبة النقيب في العام 2001 م . بعثت إشارة سري للغاية لجلب كل افراد الدفعة من كافة مواقعهم بما فيهم المتواجدين بمناطق العمليات الي الخرطوم , وصل كل ضباط الدفعة حسب الموعد المقرر و اجتمع بهم العقيد ابراهيم شمس الدين في هنكر القوات الخاصة بالقيادة العامة و تم تنوير الضباط بما آل اليه السودان من تدهور و نهب المؤسسات و فساد اداري و مالي كشفت هيئة المخابرات و تم رفع تقرير سري و شخصي للفريق عوض بنعوف رئيس هيئة المخابرات حينها و تم رفع التقرير من هيئة المخابرات للواء / بكري حسن صالح وزير الدفاع في ذلك الوقت الذي غضب غضبا شديدا و انتظر اللقاء الثاني و حضر بنفسه ليفاجئهم بعلمة بمخططهم و طالبهم بالتزام الضبط و الربط و امره الدفعة بتبليغ وحداتها فورا و قام بتحذير العقيد شمس الدين و لم يكترث ابراهيم شمس الدين بذلك ياستعان بالخطة ب اي البديلة و استعان حينها بالفريق أمير قاسم موسى نائب رئيس هيئة الاركان امداد واللواء طبيب مالك العاقب الحاج الخضر قائد السلاح الطبي واللواء بكري عمر خليفة قائد سلاح النقل واللواء السيد العبيد عبد الحليم قائد الفرقة التاسعة المحمولة جوا واللواء كمال الدين علي قائد سلاح المدرعات واللواء علي اريكا كوال قائد سلاح الاشارة واللواء ياسين عربي محمد نائب مدير الاستخبارات العسكرية واللواء فيصل عيسى أبو فاطمة هيئة العمليات بجهاز الامن و الاستخبارات الوطني والعميد مهندس عمر امين كرار رقائد قوات الدفاع الشعبي والعميد احمد يوسف مصطفى قائد ثاني الخدمة الوطنية والعميد جيمسأبولو مواي، والعقيد عثمان احمد المصطفى، والمقدم عمر عثمان علي اجتمع العقيد شمس الدين باولئك القادة في منزل آمن بمدينة الرياض يوم 3 ابريل 2001 تم وضع الخطة و تحديد ساعة الصفر , كان ذلك الاجتماع مرصود بواسطة الوحدة 16 من الامن الايجابي و هي وحدة مسئولة عن العمليات في هيئة المخابرات و تم رفع تقرير عاجل للواء بكري حسن صالح الذي غضب غضبا شديدأ و ذهب لذلك المكان و معه سرية من القوات الخاصة وتمت محاصرة المكان و القبض على اولئك القادة و أمر اللواء بكري حسن صالح باعدامهم دون محاكمات عسكرية وتم تنفيذ تلك يوم 4 ابريل 2001 م . و لكي لا يشك احد بان هناك انقلاب في الجيش تم استدعاء مجموعة من المدنيين القاضي احمد محمد هارون منسق قوات الشرطة الشعبية، وكمال الدين ابراهيم منسق عام قوات الدفاع الشعبي، ويوسف منصور مسؤول العمليات في الخدمة الوطنية، والعقيد أمن /أسامة مختار المسؤول عن وحدة تأمين البترول بوزارة الطاقة . .13 تم فتح مجلس تحقيق لمعرفة أسباب سقوط الطائرة وكانت هذه نتائج مجلس التحقيق : الطائرة في ذلك اليوم الذي وقع فيه الحادث لم تكن في حالة تقنية جيدة يسمح لها بالتحليق و يوجد هناك تقرير رسمي من هيئة الطيران المدني يثبت ذلك و صدر تقرير من اللجنة يتلخص في الاتي - كابتن الطائرة العراقي الجنسية لم يكن يعرف طبيعة ارضية مطار (عدرائيل )وان بعض اجزاءها رملية . - كابتن الطائرة لم يسبق له من قبل وان هبط بطائرة (انتينوف ) علي مدرج مثل مدرج مطار (عدارييل ) . من نتائج مجلس التحقيق يتضح ان هناك مؤامرة حدثت فلماذا نجا المدنيون مع قائد الطائرة و مات العسكريون فقط ، و هذا يعني ان العسكريون حملوا في تلك الطائرة و هم موتي لماذا كان قائد الطائرة عراقي الجنسية و نحن في القوات الجوية السودانية اكثر الطيارين السودانيين كفاءة اعتقد ظن منفذو حكم الاعدام علي العقيد ابراهيم شمس الدين و رفاقة و اعدام العريف محمد احمد محمد يعقوب حرس ابراهيم شمس الدين و كتبوا عن ذلك بنعية في الصحف الا ان ظهر العريف محمد احمد محمد يعقوب و كانت مفاجئة حين وجد اهله فارشين لموتة بالحاج يوسف و هكذا تم اخراج مسرحية شهداء عاشواراء و انتهت المسرحية بزواج الرئيس عمر البشير بارملة العقيد ابراهيم شمس الدين وداد بابكر.
