منح دستور جنوب السودان الجديد رئيس حكومة الجنوب الحق في إعفاء نائبه والبقاء في منصبه لفترة أربع سنوات ، ورفض قيادي بحزب جنوبي كبير - فضل حجب هويته - إعطاء الحق لرئيس الدولة الجديدة في إعفاء نائبه. وعلي خلفية هذا القرار تصاعدت خلافات بين الأحزاب السياسيةفي جنوب السودان وتزايدت أعداد الرافضين للدستور ، مهددين بإعلان حزب جنوبي يحمل السلاح ضد الحركة الشعبية حال إصرارها على فرض الدستور الجديد . ومنح الدستور الجديد الحركة تبعية الجيش الشعبي بجانب بقاء الوزراء وتعيين نائبين لرئيس برلمان الجنوب ، واستيعاب البرلمانيين الجنوبيين المقالين في الهيئة التشريعية بالشمال. ورأى القيادي الجنوبي أن ضم برلمانيي الهيئة بالشمال إلى برلمان جنوب السودان مخالف للقوانين ، وقال "لا يمكن استيعاب أشخاص جدد داخل برلمان منتخب في الأصل" ، وأضاف أن الحركة رفضت إقامة فترة انتقالية مدتها عامان تجرى بعدها انتخابات عامة بالدولة الجديدة وفق مقترحات الأحزاب الجنوبية. ونوَّه القيادي إلى تضييق الدستور لمساحات استيعاب الضباط والجنود الجنوبيين التابعين للقوات المسلحة ، ووصف الجيش الشعبي بالضعيف،وقال أن 90% من ضباطه أميون ، مشيراً الي أن الدستور قلَّص مساحات استيعاب أبناء الجنوبيين المتعلمين من العسكريين في الجيش الشعبي. ومن جهة اخرى قال وزير الشؤون القانونية وتطوير الدستور بحكومة جنوب السودان جون لوك في تصريح صحفي ان مشروع الدستور الانتقالي لجنوب السودان الذي أعدته الوزارة ينص على استمرار الحكومة الحالية في الحكم حتى عام 2015م حسب نتائج الانتخابات الأخيرة. وأوضح لوك أن الدستور لم يحدد نسب مشاركة أي من القوى السياسية في السلطة بجنوب السودان ، لكنه أشار إلى أن الأمر مخول لرئيس حكومة الجنوب عند تشكيل حكومته عقب التاسع من يوليو. وأكد لوك أن الدستور الجديد اعتمد اللغة الانجليزية لغةً رسميةً للدولة الجديدة في جنوب السودان. وأوضح أنه سيكفل حقوق الإنسان وحرية الصحافة والإعلام بصورة كاملة ، مشيراً إلى أن نسبة مشاركة المرأة في مؤسسات الدولة المختلفة لن تقل عن 20%.