شدد مستشار رئيس الجمهورية الدكتور مصطفى عثمان، على أن انفصال جنوب السودان عن شماله لن يعني إنهاء الحروب بين الشمال والجنوب ، محذِّرا من احتمال نشوب سلسلة حروب أهلية بين قبائل جنوب السودان تمتد إلى حروب بين جنوب لشمال السودان في مناطق التماس. وحذَّر إسماعيل في تصريحات صحفية بالقاهرة من أن الولاياتالمتحدة وإسرائيل ستستغلان هذه الحروب المحتملة للتحريض من أجل توسيع الصراع ضمن مخططهما لتفتيت السودان. قال إسماعيل أن الخرطوم تدرس كل الخيارات حال انفصال جنوب السودان ، مشيرًا إلى خيار مطروح بشأن قيام كنفدرالية بين دولتي الشمال والجنوب إذا تم الانفصال. واعتبر إسماعيل انفصال جنوب السودان بانه سيمثل أول خرق لميثاق الاتحاد الإفريقي الذي يرفض تعديل الحدود التي وضعها الاستعمار سابقاً ، واستقلال أي إقليم في دولة إفريقية عن الدولة الأم ، كما أنه سيهدد حصة مصر من مياه النيل ويهدد العرب عامة ، مضيفاً أنه خلال زيارته الحالية للقاهرة تحدث إلى وزير الخارجية المصري أحمد أبو الغيط عن مخاطر تفتيت السودان وانشغال العرب عن هذا الخطر، خصوصا أن إسرائيل تتمدد في إفريقيا وحوض النيل، وهو ما يجب أن تواجهه مصر وغيرها من الدول العربية.