حذر حزب المؤتمرالوطني الحاكم بالسودان ، من أن يتحول ما أسماه الهم الخارجي الذي يسعى لفصل الشمال عن الجنوب إلى أداة تساعد في عرقلة الجهود الداخلية المكثفة لحسم الخلافات حول الاستفتاء وترسيم الحدود وتقاسم الثروات النفطية بين الجانبين. وقال أمين المنظمات بالمؤتمر الوطني دكتور قطبي المهدي في تصريح صحفي إن هناك منظمات دولية غربية بدأت تستخدم بعض الأدوات لتحويل موضوع الاستفتاء المزمع إجراؤه في يناير 2011م إلى هم خارجي ليغلب عليه طابع التدويل بغرض الترويج له من خلال دعاة الانفصال الموجودين بدول أوربا الغربية وأمريكا مستدلاً بالحراك الإسرائيلي الضخم بأوغندا وبعض دول الجوار الأخرى الذي يسعى إلى إضعاف وتمزيق وتحجيم الدولة العربية الإسلامية الكبيرة بالسودان ومحاولة تدمير المشروع الحضاري الإسلامي الذي يتبناه المؤتمر الوطني. وقال المهدي إن التحركات الأخرى من أمريكا وغرب أوربا يهدف من ورائها اللوبي الصهيوني الذي يتذرع بمنظمات العون الإنساني بجنوب السودان إضافة إلى دخول بعض (الكنائس المتصهينة) التي تسعى بدورها إلى تفكيك الدولة الإسلامية بالبلاد من خلال تبني التيار الانفصالي بالجنوب وإضعاف اتفاقية السلام الشامل. إلى ذلك قال المهدي إننا على علم أن الحكومة الأمريكية سوف تعقد مؤتمراً للتنمية الزراعية والحيوانية لجنوب السودان بكينيا مما يؤشر إلى انفصال سابق لأوانه لجنوب السودان.