تسببت الهزائم الكبيرة التي تلقتها مليشيات جهاز الامن والمخابرات السوداني موخرا في منطقة البوطة وبابنوسه وابوكرشولا والتي اودت بحياة مئآت القتلى والجرحى فضلا عن وقوع عشرات الاسرى في ايدي قوات الجبهة الثورية السودانية وخاصة عندما قتل حوالي ال50 من ضباط وضباط صف وجنود من الجهاز في مكان واحد بالقرب من منطقة لقاوة عندما كانوا في مهمة غير معلومة العواقب لإعتراض قوات حركة العدل والمساواة القادمة من بابنوسه البوطة، مما ادى الى إحداث إنقسام وسط ضباط وضباط صف وجنود الجهاز بين مؤيد للمدير العام محمد عطا الذي يحاول الزج بالمزيد في إتون الحرب ليرضي ولي نعمته ونائب المدير العام محمد حبيب الله الذي يرى ان القتال مهمة القوات المسلحة اما جهاز الامن يمكنه المساعدة فقط، واطاحت هذه الازمة حتى الان بالعميد مصطفى علي دياب مدير امن جنوب دارفور والعميد محمد عثمان فضيل مدير امن شمال كردفان، وتم تشكيل لجان تحقيق تطال نائب المدير العام وآخرين وربما تطيح بالعشرات من الضباط في مقبل الايام. وفي ذات الصدد انتقلت عدوى الخلافات والانشقاقات الى صفوف القوات المسلحه إذ بدأت مجموعات كبيرة ومؤثرة ولاول مرة بالإعتصامات والعصيان ورفض التعليمات كما تواصلت حمى المذكرات داخل الجيش إذ تقدمت مجموعة من ضباط وضباط صف وجنود بقيادة قائد الكلية الحربية بمذكرة لرئيس الجمهورية مطالبين بإصلاحات شاملة في القوات المسلحة ومطالبة بضرورة الإطاحة بوزير الدفاع الذي وصف في المذكرة بالفاشل، ودعت المجموعة للاجتماع بالرئيس بإعتباره القائد الاعلى للقوات المسلحه ولكنه تهرب من الاجتماع بهذه المجموعة، ومن المتوقع ان تشهد القوات المسلحة موجة صالح عام ربمال تطال ضباط كبار في هيئة الاركان الامر الذي تتخوف منه بعض العناصر الكبيرة التي ربما تسبقه بعمل غير واضح المعالم، هذه الخلافات الكبيرة هي التي دعت قيادة الحزب وعلى زمة نافع للتشكيك في قدرة القوات المسلحه وكل الاجهزة الامنية وتحاول جاهدة الاستعاضة بالمجاهدين وغيرهم من العناصر المدنية