أدانت وزارة الخارجية السودانية مطالبة المرشد الإيراني بتدويل إدارة الحرمين الشريفين، كما شجبت ما أسمته "التصريحات التحريضية العدائية" للمرشد الإيراني علي خامنئي، التي هاجم فيها المملكة العربية السعودية . البشير والملك سلمان بالرياض الأربعاء 25 مارس 2015 وقالت الخارجية في بيان أصدرته ليل الخميس، إن خامئني أطلق عبارات "لا تليق بزعيم دولة إسلامية ولا تتفق مع إجماع الدول الإسلامية". وكان المرشد الأعلى للجمهورية الإيرانية، دعا العالم الإسلامي "للتفكير بحلّ لإدارة الحرمين الشريفين"، محمّلاً الرياض منع حجاج بلاده من أداء الفريضة هذا العام، رغم رفض المسؤولين السعوديين لهذه الاتهامات. واستنكرت وزارة الخارجية السودانية في بيان لمتحدثها الرسمي قريب الله خضر ب"أشد العبارات" ما أسمته دعوة "المرشد الإيراني المشبوهة إلي تدويل إدارة الحرمين الشريفين الأمر الذي يتعارض مع مبدأ احترام سيادة الدول وإجماع الأمة الإسلامية علي أن حكومة المملكة العربية السعودية هي الجهة الوحيدة المختصة بتنظيم وإدارة شؤون الحج وخدمة ضيوف الرحمن والسهر علي راحتهم". وأكدت الوزارة مساندة حكومة السودان "بقوة لأحقية وأهلية المملكة العربية السعودية في تنظيم وإدارة شؤون الحج ،مع رفضها المطلق لأي تدخلات خارجية أو استخدام فرائض الإسلام لإثارة النعرات الطائفية لتحقيق أهداف سياسية خاصة في موسم الحج". وعمدت الحكومة السودانية منذ عدة أشهر الى إظهار العداء السافر حيال إيران، وانتقاد مسؤوليها ،بعد توتر العلاقات بين البلدين ووصولها مرحلة ابعاد التمثيل الدبلوماسي عالي المستوى، غضبا على اعتداء متظاهرين ايرانيين على السفارة السعودية في طهران، وقنصليتها في مشهد، وأغلقت الخرطوم المراكز الثقافية الإيرانية بحجة نشرها التشيع وسط الشباب السوداني. ومالت كفة الدبلوماسية السودانية، بقوة صوب المملكة العربية السعودية ودول الخيج العربي، على حساب العلاقة مع ايران، كما شاركت الخرطوم عسكريا في حرب التحالف العربي ضد جماعة الحوثي المدعومة من إيران في اليمن وأرسلت فعليا آلاف الجنود لخوض المعارك هناك، تحت غطاء الحفاظ على أمن المملكة العربية السعودية.
