ابدى عدد من أعضاء تحالف المعارضة بجنوب السودان رفضهم لاتفاق السلام النهائي، مشيرين إلى أن العملية تخدم مصالح السودان وأوغندا فقط، وتعهدوا في الوقت ذاته بمواصلة كفاحهم من أجل سلام دائم ومستدام. مراسم التوقيع على اتفاق سلام جنوب السودان أديس أبابا 12 سبتمبر 2018 وأصدرت كل من الجبهة الوطنية للإنقاذ بقيادة الجنرال توماس سواكا والحركة الشعبية الديمقراطية بقيادة حكيم داريو والحركة الديمقراطية الوطنية بقيادة إيمانويل أبان وتحالف الجمهورية الديمقراطية المتحدة بزعامة جاتويك ثيتش، بيانا بموقفهم الرافض. وجاء في البيان "نحن القادة الموقعون أدناه ومنظماتنا نود أن نبلغ شعبنا والمجتمع الدولي أننا لسنا طرفا في اتفاقية السلام المنشطة والموقعة في 12 سبتمبر 2018". كما تعهد قادة المعارضة بالاستمرار في البحث عن سلام عادل وشامل ومستدام. وطالب البيان مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة والاتحاد الأفريقي ودول الترويكا والاتحاد الأوروبي والإيقاد "بالإحاطة علماً بأوجه القصور في اتفاق السلام، الذي يجعله الآن غير مستدام وخاضع للمصالح الإقليمية الخارجية أكثر من اهتمامه بمصالح شعب جنوب السودان ". وإلى جانب مطالبتهم بإنشاء نظام فيدرالي قوي، قالت المجموعة إن الاتفاقية فشلت في معالجة الأسباب الجذرية لأزمة جنوب السودان لتحقيق العدالة والمساءلة عن جرائم الحرب والفظائع، مشددةً على أن هذه القصور تجعل الاتفاقية غير قابلة للاستمرار ويقول مراقبون إن نهج الوساطة الذي اعتمدته هيئة الإيقاد كان إيجابيا هذه المرة لأن فريق الوساطة عندما فشل في التوصل إلى حل وسط بين الطرفين قام بإحالة المسألة المتنازع عليها إلى قيادة الإيقاد التي تلعب الوساطة على مستوى وزراء الخارجية أو رؤساء الدول والحكومات.