أدان تحالف معارضة جنوب السودان الموقف الرافض لاتفاقية السلام من بعض أعضائه، ودعاهم في الوقت ذاته للانضمام إلي الاتفاقية لمواصلة الكفاح السلمي للإصلاحات المتبقية. قادة تحالف المعارضة في جنوب السودان وابدى عدد من أعضاء تحالف المعارضة بجنوب السودان الجمعة رفضهم لاتفاق السلام النهائي، مشيرين إلى أن العملية تخدم مصالح السودان وأوغندا فقط، وتعهدوا في الوقت ذاته بمواصلة كفاحهم من أجل سلام دائم ومستدام. وأصدرت كل من الجبهة الوطنية للإنقاذ بقيادة الجنرال توماس سواكا والحركة الشعبية الديمقراطية بقيادة حكيم داريو والحركة الديمقراطية الوطنية بقيادة إيمانويل أبان وتحالف الجمهورية الديمقراطية المتحدة بزعامة جاتويك ثيتش، بيانا بموقفهم الرافض. وفي رد على هذا الرفض أصدر التحالف بياناً الأحد أعرب فيه عن أسفه لموقف المجموعة. وأضاف "إن هذه الخطوة من المجموعة تسببت في انشقاقات داخل التحالف ونعلم أن معظمهم يعمل من أجل السلام وما زالوا أعضاء في تحالف معارضة جنوب السودان". وأشار البيان إلى إنه لا يمكن لأحد أن يحصل على كل ما يريده على مائدة المفاوضات، مشدداً على أن اتفاقية السلام فتحت الباب أمام تحقيق الأهداف المتبقية من خلال النضال السياسي. وطالب التحالف مجموعات المعارضة الرافضة إلى إعادة النظر في موقفهم من الصفقة والانضمام إليها، مؤكدين على الحاجة إلى وحدة مجموعات المعارضة لتحقيق الأهداف المشتركة. وفي مارس 2018 أنشأت جماعات المعارضة السياسية وبعض الجماعات المسلحة تحالف جنوب السودان من أجل فرض مطالبهم السياسية على طاولة المفاوضات التي كان يهيمن عليها أجندة الحكومة وجماعة المعارضة المسلحة الرئيسية بقيادة نائب الرئيس السابق رياك مشار
