اعترضت مجموعة المعارضة الرئيسية في جنوب السودان، بقيادة نائب الرئيس السابق رياك مشار، على قرار صاغته لجنة الرصد والتقييم المشتركة لاتفاق السلام التابعة للإيقاد وأيدته لجنة التعديل الدستوري الوطنية التي تهيمن عليها الحكومة والمتعلق بنظام الحكم ، قائلةً أن الخطوة تعتبر انتهاكا لاتفاقية السلام المنشطة. سلفا ومشار وقعا اتفاقية سلام تواجه تحديات كبيرة وتماشياً مع اتفاقية السلام الموقعة بتاريخ 12 سبتمبر، يتعين على لجنة التعديل الدستوري صياغة مشروع تعديل دستوري لإدراج الاتفاقية في الدستور. وفي خطاب مفتوح إلى القائم بأعمال رئيس لجنة الرصد والتقييم المشتركة، قال نائب رئيس حركة مشار، هنري ديار إن اللجنة انتهكت اتفاقية السلام عندما صاغت مادة تتحدث عن نظام لا مركزي سيتم تنفيذه خلال الفترة الانتقالية. وتقول المادة المتنازع عليها " ان جنوب السودان يحكم على اساس نظام ديمقراطي لا مركزي، وهو كل ما يشمل الوطن من اجل شعبه. وهي كيان متعدد الاعراق ومتعدد الثقافات ومتعدد اللغات ومتعدد الاديان ومتعدد الاعراق حيث ان هذا التنوع في الوجود السلمي ينص على ان تقوم اللجنة خلال الفترة الانتقالية بتنفيذ نظام الحكم الذي نقلت اليه السلطة والذي يكون فيه المزيد من السلطات والموارد. ويتم نقلها الى اشكال الحكم الادنى حسبما يتفق عليه الطرفان" . بالنسبة لنائب رئيس الحركة الشعبية-فصيل مشار فإن هذه المادة انتهكت اتفاقية السلام المنشطة والتي ما كان يتوجب تبنيها من قبل المجلس الوطني الانتقالي المؤلف من 15 عضوا والذي يرأسه ممثل الإيقاد. ولفتت الرسالة الى المادة 1.4.3.7 من اتفاقية السلام التي تنص "على أن نظام الحكم سوف يناقشه الاطراف خلال الفترة السابقة للفترة الانتقالية وليس خلال الفترة الانتقالية". علاوة على ذلك، شددت حركة مشار على أن اتفاقية السلام لا تتضمن حكما يعهد إلى الحكومة بتفويض السلطة إلى الإدارة الإقليمية الأدنى مستوى. وقبل إرسال خطابها إلى القائم بأعمال رئيس لجنة الرصد والتقييم المشتركة سعت حركة مشار إلى إثناء اللجنة الدستورية عن إقرار خطوة الإيقاد من خلال المراسلات الكتابية المذكورة في الرسالة دون جدوى. وكان نظام الحكم من الأسباب الرئيسية لاندلاع الحرب التي استمرت خمس سنوات في جنوب السودان، جنبا إلى جنب مع تقاسم الثروة للجماعات المعارضة.
