رفعت وزارة التعليم العالي السودانية الرسوم الدراسية للطلاب الجنوبيين في الجامعات السودانية بحيث أصبحت تتراواح بين ثلاثة الي تسعة الاف دولار رغم اتفاق التعاون الموقع بين وزرارات التعليم العالي والتربية والتعليم في البلدين والاتفاق علي عدم تسييس التعليم. وتضاربت الارقام التي حددتها كل جامعة للطلاب الجنوبيين اللذيين يعتزمون التقدم للجامعات السودانية من حملة الشهادة السودانية الامر الذي يعرض الاف الطلاب الجنوبيين في الشمال لفقدان الفرصة في التعليم الجامعي. ورفضت ادارات الجامعات تسلم الرسوم من بعض الطلاب رغم ارتفاعها عند محاولتهم دفعها بنفس قيمتها بالجنيه السوداني وطالبتهم بسدادها بالعملة الصعبة. وكان اتفاق قد وقع بين البلدين للسماح للطلاب الجنوبيين بالدراسة في الجامعات السودانية علي أساس القبول الخاص المخصص للطلاب الأجانب. لكن الاموال التي حددت من قبل الجامعات تعد أعلي من الرسوم المحددة للطلاب الاجانب من الجنسيات الاخري. وانتقدت مصادر طلابية جنوبية هذا المسلك واعتبرته محاولة جديدة للضغط علي الجنوبيين الموجودين في شمال السودان. وكشفت عن عرقلة وزارة التعليم العالي للمنحة الدراسية التي تعهدت بتقديمها لمائة طالب جنوبي سنويا، وذلك بعدم السماح بالتقديم لها عبر سفارة جمهورية جنوب السودان واجبار الطلاب علي السفر الي جوبا للتقديم عبر وزارة التعليم العالي بالجنوب. واعتبرت المصادر ان هذا الاجراء يعد تملصا من الحكومة السودانية من تعهداتها بسبب ادراكها لصعوبة السفر الي جوبا لا سيما في ظل استمرار اغلاق خطوط الطيران وارتفاع أسعار التذاكر. وناشدت قيادات طلابية جنوبية حكومة الجنوب بالاسراع بالتدخل لمعالجة الامر اما بسداد المبالغ او بالسعي مع حكومة السودان لتخفيضها أو ايجاد فرص بديلة في دول أخري.