انتقد القيادي السلفي السوداني د. محمد بن عبد الكريم الشيخ في تسويق الحكومة السودانية لانفصال الجنوب بوصفه وسيلة لإحلال السلام، معتبرا أنه لا يوجد في الأفق السياسي ما يشير إلى أن البلاد ستكون في مأمن عقب الانفصال، لأن الحركة الشعبية قامت على أيديولوجيا التحرر الأفريقي من "هيمنة الثقافة العربية والإسلامية". وأبدى د. الشيخ قلقه من عودة الصراع بين الشمال والجنوب وعلى نحو أشد، معتبرا أن دولة الجنوب الجديدة لن تكون دولة علمانية بل "معادية للإسلام"، مشيرا إلى علاقات الجنوب بالولايات المتحدة وإسرائيل. واعتبر القيادي السلفي الانفصال نتيجة لمخطط إسرائيلي يهدف إلى تقسيم دول عدة، كما حدث في العراق الذي قسم إلى مناطق ثلاث، في حين يتوقع أن يقسم السودان إلى خمس دويلات. وقال الشيخ -وهو رئيس قسم الثقافة الإسلامية بجامعة الخرطوم ورئيس لجنة الحسبة في الرابطة الشرعية للعلماء والدعاة بالسودان- إن الرابطة أعلنت أن الانفصال إقرار بالتنازل عن شيء من أرض السودان، وهي ملك للأمة الإسلامية، وأضاف أن إقرار اتفاقية نيفاشا كان خطيئة من أعظم الخطايا، إذ جلبت على السودان كوارث شتى من بينها انفصال الجنوب.