اتهم المؤتمر الوطني الشعبي والشيوعي بأن مواقفهما ضبابية وغير واضحة حول اعتداءات دولة الجنوب على هجليج، وهذا ما يؤكد استمرارية مواقفهم الرمادية على مر التاريخ، ومنذ أحداث يوم الاثنين لم تكن لهم آراء، وكان موقفهما محايداً، وكذلك عندما دخلت قوات العدل والمساواة كان موقف المؤتمر الشعبي أبيض+ أسود، ولم يكن واضحاً أيضاً، مما وضع المؤتمر الشعبي في قفص الاتهام، بأن حركة العدل والمساواة هي الجناح العسكري لهم، وما أكد للمراقبين السياسيين رأيهم في الترابي ما خرج به الترابي بعد موت خليل خرج بفتوى وقال إنه شهيد، بعد كل ما حدث من قتل وتخريب من ناحية« العدل والمساواة» ، فرد على اتهامات المؤتمر الوطني الأستاذ كمال عمر الأمين السياسي للمؤتمر الشعبي، وقال نحن عبرنا عن موقفنا وصرحنا وشجبنا احتلال هجليج، وقلنا إنه غير موفق، لأن هذه الأرض تتبع لجمهورية السودان، وطالبنا بخروج الحركة الشعبية والحركات المسلحة من هجليج، وهنأنا القوات المسلحة والشعب السوداني باسترجاع هجليج، ولكن نحن نميز بين وقوفنا مع الوطن وقضايانا مع المؤتمر الوطني، والطريقة التي تم بها خطاب الشعبي ما بعد استرداد هجليج تحتاج الى إعادة صياغة ولابد أن يكون هناك تصور للمستقبل في مثل هذه الخطابات، لذا نحتاج الى الحكومة الانتقالية، وهي الأجدر للخروج بالبلاد من مثل هذه الأزمات، وقال الشفيع خضر القيادي بالحزب الشيوعي.. نحن طلعنا بياناً رسمياً يوم الخميس من الناطق الرسمي للحزب، أدنا فيه العدوان، وطالبنا بالانسحاب من هجليج، وجددنا مطالبنا للطرفين بالعودة لطاولة المفاوضات، وعقد مؤتمر قومي للتصدي للأزمة من جذورها.. أضاف الشفيع أن الشعب السوداني وحده من يحاكمنا إذا أخفقنا، ومواقفنا واضحة لا نريد مزايدة من أحد، ومن يبحث عن عداء معنا فليقم بمواجهتنا ونحن نرفض اللف والدوران. بينما رأى المحلل السياسي جمال رستم أن الاتهامات بين المؤتمر الوطني والشعبي والشيوعي ليست جديدة، حيث يظهر ذلك دوماً في الساحة السياسية السودانية، خاصة عندما قضية تظهر، سواء كانت اقتصادية أو سياسية أو أمنية، مثل ما حدث الآن في هجليج، وما بعد التداعيات التي حدثت، كانت هناك فرصة لتبادل الاتهامات في المؤتمر الوطني، حيث أن الحزبين لم يظهرا موقفيهما بصورة واضحة كبقية الأحزاب الأخرى، ولم يصدرا بيانات توضح ذلك.. وبالتالي هذا ما شكك في وطنيتهما ويجعلهما كانهما مباركين الما قام به تحالف كاودا.. وفي المقابل يرى المؤتمر الشعبي والحزب الشيوعي إنهما مع السودان وليس من المؤتمر الوطني، وأن ما يحدث الآن بينهم مسألة صراع سياسي ناتج من توتر العلاقة بين هذه الأطراف، وهذه الاتهامات هي افرازات الصراع السياسي السوداني، لأن المؤتمر الوطني يدير كل القوى السياسية تحت ظل واحد، وهو الحزب الحاكم.