وجهت بعثة الإتحاد الأوربي انتقادات مبطنة لسير عملية الانتخابات في السودان مؤكدة أن نتائج الانتخابات الرئاسية شابها نوع من عدم الشفافية وأن إعلانها تم بناء على أقل من نسبة 50% إلا أنها قالت إنها تمثل خطوة مهمة للإمام في تاريخ الحياة السياسية السودانية. ووصف التقرير الذي قدمته للمفوضية القومية للإنتخابات الانتخابات بجنوب السودان، بالمشبوهة بسبب انتشار أعمال العنف التي قال إنها هزت من مصداقية العملية. وقدم التقرير 46 توصية قال إنها تفيد في إدارة العملية في المستقبل أهمها أن يضمن جهاز إدارة الانتخابات تسجيلاً شاملاً وشفافاً ودقيقاً للناخبين وأن تعمل بأسلوب شفاف وبالتشاور. وقالت فيرونيك دي كيسر- رئيسة المراقبين خلال المؤتمر الصحفي الذي عقد ببرج الفاتح أمس وهي تتلو التقرير -إن العملية الانتخابية شابها كثير من النواقص التي تتمثل في المخالفات خلال الحملات الانتخابية وأحداث العنف في الجنوب ونقص في الشفافية ،مشيرة إلى أن ذلك قلل من ضمان نزاهة العملية الانتخابية متهمة المفوضية بالفشل في نشر وإعلان القوانين واللوائح الخاصة بالانتخابات .وأضافت أن التغييرات الأخيرة في قوانين المفوضية أخلت بالمعايير الوطنية والدولية لحماية شفافية الانتخابات. وأعابت دي كيسر على المفوضية في أنها لم تنشر القائمة النهائية لمراكز الإقتراع مما أدى إلى حرمان الناخبين والمراقبين من المعلومات الكاملة عن تلك المراكز. وأشارت إلى أن طريقة إيصال الشكاوى للمفوضية كان بها عدم وضوح وتفاصيل غير وافية في القانون مبينة أن دور المحاكم في الطعون الرسمية يعاني من الإرتباك.