ذكرت بعثة الاتحاد الأوربي لمراقبة الانتخابات أن نتائج الانتخابات الرئاسية أعلنت بأقل من (50%) من الأصوات التي أدخلت للكومبيوتر، ووصفت العملية بغير الشفافة، ودمغت البعثة في تقريرها النهائي مفوضية الانتخابات بالفشل في نشر وإعلان القوانين والتعليمات قبل وقت كاف، ونبهت الى أن تغييرات المفوضية الأخيرة في قوانينها أخلت بالمعايير الدولية والوطنية لحماية شفافية العملية، وشدد تقرير البعثة الاوربية لمراقبة الانتخابات الذي أفصحت عنه رئيسة البعثة (فيرونيك دي كيسير) في مؤتمر صحفي الاثنين ببرج الفاتح أمس على ضرورة البدء فوراً في عمل مفوضية الاستفتاء لضيق الوقت لتفادي ما حدث في الانتخابات، وأردفت: أتيت لمراقبة الانتخابات في وقت متأخر وأتمنى أن يستفيد الشريكين من دروس الانتخابات في الاستفتاء والوصول لنتيجة أفضل، وأضافت «من مصلحة الشمال والجنوب أن يجرى هذا الاستفتاء بشكل جيد وإلا فإن مشاكل كثيرة ستحصل». وأضافت: أعتقد أن السلام مصلحة مشتركة للشريكين، وقالت: واجهتنا كثير من الصعوبات ولكنها ليست لها علاقة بالحكومة أو المفوضية أو الأجهزة العاملة، ولكن من طبيعة العملية الانتخابية وتعقيداتها ومساحة السودان الشاسعة، وقدمت في تقريرها توصيات لتحسين العملية الانتخابية في المستقبل، وقالت دي كسير في تقريرها إنه رغم التحفظات على العملية الانتخابية التي تمت إلا أنها تمثل خطوة مهمة للأمام في الحياة السياسية لكون أنها أقيمت وفق اتفاقية السلام. وطالب التقرير الذي جاء في (147) صفحة في توصياته حكومة الوحدة الوطنية وحكومة الجنوب والأحزاب السياسية بعدم عقد الانتخابات المقبلة في كافة المستويات في وقت واحد، وشدد على عدم السماح بأعضاء إضافيين في البرلمان دون تغيير دستوري مسبق لكون انه يقوض الطبيعة المنتخبة للبرلمان وطالب المفوضية بتأسيس ميثاق عمل للاحزاب السياسية والمرشحين المتنافسين يتضمن عقوبات قانونية ويضمن عدم استخدام المتنافسين للموارد العامة في خدمة العملية الانتخابية وضمان عدم تدخل مسؤولي الدولة وعدم استخدام ممتلكاتها لصالح أي حزب أو أي مرشح ومحاسبة المسؤولين عنها ومراجعة القيود المالية على المصروفات الانتخابية للمرشحين وان يعلن كل حزب او مرشح تفاصيل مصروفاته ومصادر التمويل المتلقى وتقليل الاعتماد على المساهمين الاثرياء وتطبيق قوانين واضحة وشفافة وإصلاح ادارة الانتخابات العليا والغاء مركزية ادارتها في الولايات وان تقدم تقارير عامة ومنتظمة تخضع لمحاسبة البرلمان وان تطور المفوضية الشفافية في جميع عملياتها وشدد التقرير على ضرورة مراجعة الحصانات القانونية لاعضاء مفوضية الانتخابات وتعديل قانون الانتخابات ليضمن عرض مراحل الاقتراع على الانترنت بسهولة وفق المعايير الدولية وإخضاع السجل الانتخابي للمراجعة المهنية والشفافة وإدخال بطاقات تحمل صور الناخبين، والاخذ في الاعتبار التصويت الغيابي لتقليل حرمان المشردين والعمال المهاجرين من حقوقهم ومراجعة قوانين واجراءات المفوضية وتعديلها، وشددت على رؤساء الجيش والشرطة بجنوب السودان اصدار اوامر وتطبيقها على موظفيهم لعدم تدخلهم في عملية الاقتراع والفرز والتجميع أو تخزين ونقل الاوراق وإرسال الطعون والشكاوى للجنة خاصة من الشخصيات القانونية في القضاء الحالي والسابق والخبراء القانونيين داخل وخارج السودان وان يكون الرد على الشكاوي من خلال هيئة قانونية مستقلة عن المفوضية وبمشاركة دولية وتغيير ميثاق العمل السوداني للمراقبة الانتخابية ليتوافق مع المعايير الدولية للمراقبة