رد خبراء على حديث وزير الخارجية المصري؛ أحمد أبو الغيط، حول عدم تأثر حصة مصر من المياه بعد انفصال جنوب السودان، وأن دولة الجنوب ستأخذ حصتها من مياه السودان. واستند فريق من خبراء المياه في السودان على نص في اتفاقية 1959 يؤكد أن نصيب أية دولة جديدة في المنطقة سيقسم مناصفة بين مصر والسودان. وتنص الفقرة الخامسة من أحكام عامة في اتفاق 1959 (نظراً إلى أن البلد الذي يقع على النيل غير الجمهوريتين المتعاقدتين «مصر- السودان» يطالب بنصيب في مياه النيل، فقد اتفقت الجمهوريتان على أن تبحثا سوياً مطالب هذا البلد، وتتفقان على رأي موحد بشأنه، وإذا أسفر عن إمكان قبول أية كمية من إيراد النهر تخصص لبلد أو لآخر فإن قدر المياه المحسوب عند أسوان يقسم مناصفة بينهما). وأكد وزير الري السابق؛ يحيى عبد المجيد، أن مصر ستتأثر بالانفصال، وأن حصة الجنوب ستأخذ من نصيبها، وقال ل(الأهرام اليوم): «إذا انفصل الجنوب سيكون دولة مشاطئة للنيل، وسيخصم نصيبه من (84%) التي تصل إلى أسوان من الدولتين، ووفق الإتفاقية تخصم حصته مناصفة بين مصر والسودان». واتفق رئيس مركز دراسات الشرق الأوسط وأفريقيا بالخرطوم؛ السفير عثمان السيد، معه، وقال ل(الأهرام اليوم) إن أية دولة لم تشارك في اتفاقية 1959 تطلب نصيباً في مياه النيل يتم منحها إياه مناصفة بين الدولتين. واختلف معهما بروفيسور تاج السر بشير عضو لجنة البرنامج الدولي بالمياه لليونسكو، المنسق الإقليمي للشبكة العربية للمياه البيئية، ولفت إلى أن النيل الأبيض يمر بالجنوب وبه (20%) من مياه النيل، وأن الاتفاقية تتحدث عن توزيع مياه النيل الأزرق، الذي لا يمر بالجنوب.