رصدت العديد من المنظمات خروقات واسعة صاحبت عملية التصويت للاستفتاء على تقرير مصير الجنوب، كان أبرزها انطلاق الحملات الدعائية من الكنائس وحملت طابعاً دينياً عبر بيانات مكتوبة تم توزيعها، وفي هذا السياق ذكرت الشبكة الدولية للحقوق والتنمية غياب الحياد من قبل بعض موظفي مراكز الاقتراع من خلال حثهم الناخبين بطرق مختلفة على التصويت لصالح الانفصال، علاوة على أن الحبر المستخدم لم يكن بالمواصفات الفنية المطلوبة حيث أنه يشبه إلى درجة كبيرة لون بشرة سكان الجنوب، الأمر الذي يصعب التعرف على الناخبين الذين صوتوا والذين لم يصوتوا، كما تمت ملاحظة أن الأرقام التي كانت تعطى من قبل مديري المراكز عن عدد المصوتين لم تكن تتناسب وحجم استيعاب صناديق الاقتراع أحياناً، إضافة إلى ارتفاع أعداد الناخبين في الكشوف في اليوم الثاني مباشرة وهذا يتنافى مع متوسط الزمن المخصص للتصويت، وأضافت الملاحظات أن اختيار مراكز الشرطة والكنائس مراكز للاقتراع هو قرار خاطئ لا يتناسب مع المعايير الدنيا للعملية، فضلاً عن تعرض المراقبين للتهديد ومسح الصور التي التقطوها والتضييق على المراقبين بعدم التصوير في بعض مراكز الاقتراع، ومنع جميع المراقبين الدوليين من الخروج من جوبا إلى القرى المجاورة إلا بعد الحصول على تصريح من وزارة الداخلية في الجنوب الأمر الذي أدى إلى تعويق مراقبة الاستفتاء في المناطق المجاورة لجوبا. وفي هذا السياق يقول رئيس الشبكة الدولية للحقوق والتنمية د. لؤي ديب إن الشبكة قبلت بالشكل العام لعملية الاستفتاء التي صاحبتها خروقات وتجاوزات تمثلت في توزيع (16) بياناً عنصرياً في أول يوم للاستفتاء، وقد وقع الخطأ الأساسي عندما تجاوز قانون الاستفتاء التفريق ما بين ضوابط ومعايير المراقبين المحليين وتصنيفهم وقد ساوى القانون بين مراقبي الأحزاب ومراقبي منظمات المجتمع المدني، وأشار إلى أن مراقبين من الأحزاب كانوا يرتدون ملابس ودعاية تدعو إلى الانفصال، مشدداً على أن المراقب يجب أن يكون محايداً. ولم تقف الخروقات عند هذا الحد حيث كان هناك تدخل أمني واضح وتدخل من الجيش الشعبي فضلاً عن التضييق على حركة المراقبين، وقال ديب إن أحد مراقبي بعثتهم وهو نرويجي تعرض للعنف ووجهت له إهانات ومسحت كل الصور التي كان قد التقطها، وأضاف أن مراقباً آخر يتبع لبعثتهم فرنسي الجنسية صوِّب سلاح إلى رأسه وطلب منه أن يقدم اعتذاراً إلى أفراد الحاجز العسكري خارج جوبا لأنه لم يكن يحمل تصريحاً عسكرياً. وأضاف أنهم تلقوا الكثير من الشكاوى عن تصويت أفارقة في عدة مراكز بالجنوب، وزاد: «لكننا لم نستطع أن نوثق ذلك بالدليل كما وثقنا غيره».