رصدت العديد من المنظمات خروقات واسعة صاحبت عملية التصويت للاستفتاء على تقرير مصير الجنوب، كان أبرزها انطلاق الحملات الدعائية من الكنائس وحملت طابعاً دينياً عبر بيانات مكتوبة تم توزيعها، وفي هذا السياق ذكرت الشبكة الدولية للحقوق والتنمية غياب الحياد من قبل بعض موظفي مراكز الاقتراع من خلال حثهم الناخبين على التصويت لصالح الانفصال، إضافة إلى أن الحبر المستخدم لم يكن مطابقاً للمواصفات الفنية، كما تمت ملاحظة أن الأرقام التي كانت تعطى من قبل مديري المراكز عن عدد المصوتين لم تكن تتناسب وحجم استيعاب صناديق الاقتراع أحياناً، فضلاً عن اعتماد مراكز الشرطة والكنائس مراكز للاقتراع، اضافة إلى منع جميع المراقبين الدوليين من الخروج من جوبا إلى القرى المجاورة إلا بعد الحصول على تصريح من وزارة الداخلية في الجنوب الأمر الذي أدى إلى تعويق مراقبة الاستفتاء في المناطق المجاورة لجوبا. وفي هذا السياق يقول رئيس الشبكة الدولية للحقوق والتنمية د. لؤي ديب إن الشبكة قبلت بالشكل العام لعملية الاستفتاء التي صاحبتها خروقات وتجاوزات تمثلت في توزيع (16) بياناً عنصرياً في أول يوم للاستفتاء، وأشار إلى أن مراقبين من الأحزاب كانوا يرتدون ملابس ودعاية تدعو إلى الانفصال، مشدداً على أن المراقب يجب أن يكون محايداً. ولم تقف الخروقات عند هذا الحد حيث كان هناك تدخل أمني واضح وتدخل من الجيش الشعبي فضلاً عن التضييق على حركة المراقبين. وأضاف أنهم تلقوا الكثير من الشكاوى عن تصويت أفارقة في عدة مراكز بالجنوب، وزاد: «لكننا لم نستطع أن نوثق ذلك بالدليل كما وثقنا غيره». تفاصيل ص (تقرير)