قال عدد من المنظمات انهم رصدوا خروقات واسعة صاحبت عملية التصويت للاستفتاء ، أبرزها انطلاق الحملات الدعائية من الكنائس، حملت طابع دينيا عبر بيانات مكتوبة تم توزيعها. وذكرت الشبكة الدولية للحقوق والتنمية،التي راقبت الاستفتاء ،انه كان هناك غياب للحياد من قبل بعض موظفي مراكز الاقتراع من خلال حثهم للناخبين بطرق مختلفة للتصويت لصالح الانفصال، علاوة على ان الحبر المستخدم لم يكن بالمواصفات الفنية المطلوبة حيث يشابه إلى درجة كبيرة لون بشرة سكان الجنوب الامر الذي يصعب معه التعرف على الناخبين الذين صوتوا والذين لم يصوتوا ،كما تمت ملاحظة ان الارقام التي كانت تعطي من قبل مديري المراكز عن عدد المصوتين لم تكن تتناسب وحجم استيعاب صناديق الاقتراع احياناً، اضافة إلى ارتفاع اعداد الناخبين على الكشوف في اليوم الثاني مباشرة ، وهذا يتنافي مع متوسط الزمن المخصص للتصويت. واعتبرت الشبكة ،اختيار اقسام الشرطة والكنائس كمراكز اقتراع ، قراراً خاطئاً لا يتناسب مع المعايير الدنيا للعملية، فضلاً عن تعرض المراقبين للتهديد ومسح الصور التي التقطوها والتضييق على المراقبين بعدم التصوير في بعض مراكز الاقتراع،الى جانب منع جميع المراقبين الدوليين من الخروج من جوبا إلى القرى المجاورة إلا بعد الحصول على تصريح من وزارة الداخلية في الجنوب، الامر الذي أدى إلى اعاقة مراقبة الاستفتاء في المناطق المجاورة لجوبا. وقال رئيس الشبكة الدولية للحقوق والتنمية الدكتور لؤي ديب، ان الشبكة قبلت بالشكل العام لعملية الاستفتاء التي صاحبتها خروقات وتجاوزات تمثلت في توزيع «16» بيانا عنصريا في أول يوم للاستفتاء، واشار الى ان الخطأ الاساسي الذي وقع عندما تجاوز قانون الاستفتاء التفريق ما بين ضوابط ومعايير المراقبين المحليين وتصنيفهم ،بينما ساوى القانون بين مراقبي الاحزاب ومراقبي منظمات المجتمع المدني،مبيناً ان مراقبين من الاحزاب كانوا يرتدون ملابس ودعاية تدعو للانفصال، مشدداً على ان المراقب يجب أن يكون محايداً.