وصف حزب المؤتمر الوطني اتهامات باقان أموم الأخيرة حول تقويض الاستفتاء لصالح الوطني بأنها ملفقة وكاذبة ولا تعبر عن إرادة الحركة الشعبية الرسمية. وقال القيادي بالمؤتمر الوطني أحمد إبراهيم الطاهر إن باقان ليس هو الشخص المختص الذي يعبر عن سياسات الحركة الشعبية تجاه المؤتمر الوطني كما أنه لا يمثل مراكز القرار داخل الحركة الشعبية تجاه القضايا العالقة في إشارة منه إلى مسألة (الاستفتاء ? الحدود ? المشورة الشعبية- أبيي). وأوضح الطاهر أن باقان لديه قضاياه وأجندته المتقاطعة مع أجندة الحركة الشعبية وأن المؤتمر الوطني لا يتعامل مع باقان أموم في أي قضايا تتعلق بتنفيذ ما تبقى من اتفاقية السلام الشامل وأي قضايا أخرى تمس الشريكين واصفا اتهامات باقان بأنها تهدف إلى عرقلة استكمال جهود السلام التي بذلها الطرفين منذ انطلاقة اتفاقية السلام الشامل عام 2005م. وأكد أحمد إبراهيم أن حزبه يتعامل بصفة قانونية وسياسية مع القيادة العليا في الحركة ممثلة في رئيسها سلفاكير الأمر الذي يغلق الباب أمام أي جهات أخرى تحاول خلق وإثارة الشكوك في عمل اللجان المشتركة التي وضعها الشريكين بخصوص الاستفتاء مشيراً إلى أن الجهة الرسمية التي يتعامل معها حزب المؤتمر الوطني في كل الاتفاقيات والأطر الدستورية واتخاذ القرارات هو رئيس الحركة سلفاكير ميارديت.