تم استئناف المفاوضات بين دولتي السودان وجنوب السودان حول الاتفاق على عدة بنود يبدو أن دولة الجنوب بدأت تركز على حل قضية النفط، خاصة أن الانفصال ترك بعض المؤشرات الدالة على تدهور الأوضاع الاقتصادية لدولة الجنوب بعد مبادرتها بوقف تدفق النفط عبر الشمال واتهام السودان باختلاس أموالها من النفط، ولم يتوقف الأمر عند هذا الحد بل بادرت دولة الجنوب بالعدائيات على منطقة هجليج المعروفة بإنتاج النفط، ومن المعروف أن الجنوب بعد انفصاله وتحوله إلى دولة مستقلة، أصبح يمتلك «75%» من إجمالي الإنتاج النفطي السوداني الذي كان قد بلغ حوالى «470» ألف برميل يوميًا.. وظلت قضايا النفط وكيفية احتساب رسوم العبور من بين القضايا العالقة بين الدولتين، ولم يتم التوصل إلى اتفاق بشأنها بسبب الفجوة الواسعة بين مواقف الطرفين.. وكان السودان قد أعلن في أكتوبر «2011م» مطالبته باحتساب رسوم عبور النفط شهريًا على الصادرات النفطية لجنوب السودان يما يعادل «36» دولارًا للبرميل الواحد، أي «23%» من نفط الجنوب الذي يمر عبر أراضيه، في الوقت الذي أبدى فيه الجنوب عدم استعداده لدفع أكثر من «0.7» دولار. ومن ثم انخرط الجانبان في عقد اتفاقات مرة أخرى شملت عدة بنود ولكن هذه المرة تمسكت الحكومة السودانية بحل القضايا الأمنية العالقة مع جنوب السودان قبل الدخول في مفاوضات نقل النفط الجنوبي عبر أراضيها.. وقال وزير الخارجية علي كرتي: إن وفد التفاوض شدَّد على هذا الجانب، نافيًا الاتفاق على أرقام كرسم لنقل النفط الجنوبي، وقطع أنه بعد التفاوض يتم التفاوض في المسألة، وقال: الأولوية الآن للقضايا الأمنية وحين يضمن السودان أن جنوب السودان لا يشكل تهديداً أمنياً، لا باستضافة الحركات المتمردة أو بدعم المتمردين في جنوب كردفان والنيل الأزرق حين ذلك يبدأ التفاوض وإلى الآن أي حديث حول أرقام تم الاتفاق عليها هو ضرب من الخيال.. ومن المعروف أن الوضع الأمني يشكل محورًا مهمًا بصورة عامة لكل الدول وبصورة خاصة بالنسبة للسودان بعد أن أصبحت حدوده مع دولة الجنوب تشكل تهديدًا أمنيًا على كافة المستويات، ويرى المراقبون أن النفط بدلاً من أن يصبح عاملاً لتأكيد التعاون والتكامل بين الطرفين، فإنه أصبح أداة لتحقيق أهداف سياسية معلنة أو مضمرة بين الجانبين. ووصف الخبير الاقتصادي حسين القوني الخطوة بالسليمة، مضيفًا: كان من الممكن الاتفاق على قضية النفط قبل الوضع الأمني، مشيرًا لعدم وجود ضمانات من الجانب الآخر وتجاوزات يمكن أن تساهم في عدم الاستقرار بين الدولتين، وقال القوني ل (الإنتباهة): إن الاتفاق الأمني كشرط أساسي يضمن عدم وجود خرق أمني ومن ثم يضمن عدم التأثير على إنتاج البترول في المستقبل، ويرى أن حرص الجنوب على قضية النفط فقط يمكن أن يساهم في حدوث خروقات مستقبلاً في حال عدم الاتفاق على الوضع الأمني، فيما يرى أحد الخبراء ضرورة الوصول إلى اتفاق حول الجانبين الأمني والنفطي خاصة أن الجنوب يواجه بتحديات داخلية عدة تهدد استقراره الأمني والسياسي وقدرته على التماسك باعتبار أنه دولة وليدة وهشة، وفي المقابل فإن السودان يواجه ضائقة اقتصادية في الآونة الأخيرة، فبالنظر للشح المستمر في موارده من العملة الصعبة وارتفاع نسبة التضخم يتطلب أن يتم معالجة الأمر في أسرع وقت ممكن، كما أن محاولة إيجاد سبل تمويل جديدة لهذا العجز المستجد في الميزانية عبر الاقتراض من مصادر خارجية، لم تعد أمرًا سهلاً وتواجهها مصاعب عديدة.