أقر المؤتمر الوطني بوجود معارضة لاتفاق التعاون بين الخرطوموجوبا إلا أنه أكد أن معارضة الاتفاق في دولة جنوب السودان كبيرة، وأشار إلى وجود نافذين لهم مصالح في بعض الملفات التي لم تُحسم يعارضون الاتفاق بشدة من جوبا بيد أنه حذر من أي محاولة انقلاب عسكري على النظام في جوبا، وأكد أن ذلك من شأنه تقويض الاتفاقية برمتها، وأشار إلى أن أي نظام يأتي بعد انقلاب لن يلتزم بما تم الاتفاق عليه في أديس أبابا، وقال: هذا شيء طبيعي ورأى أنه ليس من السهولة عدم إنفاذ الاتفاقية إلا في حالة عدم إجازتها من البرلمانيين في دولتي الجنوب والسودان في وقت أكد أن الحكومة ستتخذ كل الإجراءات الاحترازية منها الاستباقية والأمنية والعسكرية والسياسية للمحافظة على الاتفاق من أي جهة تحاول تعويقه، وقال أمين الإعلام بالمؤتمر الوطني بروفسير بدر الدين أحمد إبراهيم إن طرد الجنوب لقطاع الشمال رهين بإكمال إنفاذ الترتيبات الأمنية وترسيم الحدود ووضع نقاط مراقبة ورأى أن قصف قطاع الشمال لمدينة كادقلي لا يعني انهيار الاتفاقية، ورحَّب بمحاورة حكومة الجنوب لقطاع الشمال لفك الارتباط.