تعتمد جامعة الفاشر على الدكتور الزائر، حيث يقوم بتدريس الكورس الذي يحتاج إلى أسابيع في أيام معدودة، كما تُواجه طلاب كلية الطب مشكلة تتمثل في عدم توفير الجثث الكافية التي يحتاجون إليها في مشرحة الكلية، مع سوء المعامل الموجودة، وهذا كله سيُقلل بلا شك من كفاءة طالب الكلية ميدانياً بعد التخرج، وكذلك لا يُوجد ترحيل لائق لنقل طلاب الكلية من وإلى المستشفى، مما يضطرهم لاستغلال سيارات الأجرة أو المركبات العامة، ولكم أن تتصوروا معاناة الطلاب في مثل هذه الظروف، هذا اضافة إلى ارتفاع الرسوم الدراسية، وغياب الصندوق القومي لرعاية الطلاب، كما أنَّ الأماكن المخصصة للطعام عبارة عن رواكيب من القش والزنك مع بعض البنابر، ويرون أن الطعام الذي يقدم لهم يومياً رديء ولا يتم تغيير للوجبات اليومية.