بعد ذهاب الجنوبيين الى جنوبهم إلا أن وجود بعضهم في الشمال عكس آثاراً سالبة داخل الخرطوم وبعض الولايات الأخرى ، وتأزمت الأوضاع فيها بسبب هذا الوجود، حيث كانت اتفاقية السلام وبالاً على الشماليين، وتفاقمت أزمة هؤلاء الجنوبيين بتباطؤ حكومة الجنوب في معالجة مشكلاتهم خصوصاً أولئك الذين مازالوا عالقين في ميناء كوستي بولاية النيل الأبيض، وبعد مناشدات تم ترحيل بعضهم إلا أن مجموعة كبيرة استوطنت داخل كوستي بالقرب من السكة الحديد، حيث أثر هذا الوجود سلباً على صحة البيئة هناك. وترى الأستاذة فاطمة التوم من كوستي أن وجود الجنوبيين فى داخل المدينة يسبب نوعاً من الفوضى ويخلق الهواجس، وذلك لأنهم يتعاطون الخمورعلى نطاق واسع. وأكدت مصادر«الإنتباهة» أن الجنوبيين العالقين حول السكة الحديد يتسببون في بلبلة أمنية كبيرة وذلك من خلال انتشار ظاهرة السرقات، فيما أكد مصدر آخر فضل حجب اسمه أن هؤلاء الجنوبيين يمثلون كارثة حقيقية فى داخل مدينة كوستي، لأن عددهم أصبح كبيرا ولا أدري لماذا غفلت عنهم السلطات المحلية والاتحادية. وفي السياق حذر مصدر أمني بالنيل الأبيض من أن وجود الجنوبيين داخل المدينة قد يتسبب فى بعض المشاكل الأمنية التى لا يحمد عقباها خاصة أن هؤلاء الجنوبيين أصبحوا بلا هوية ودون مأوى ودون عمل. وفي داخل معسكر الجنوبيين بالسكة الحديد بكوستي التقت «الإنتباهة» بمجموعة من السلاطين رفض بعضهم الحديث إلا أن صامويل دينق قال: «لما جابونا هنا كان المفروض يرحلونا ولكن هذا لم يتم وبلغ عددنا الآن أكثر من ثلاثة آلاف، وهذا العدد قابل للزيادة، فقد توقف عمل المنظمات والأطفال والأسر الآن في الحر والبرد وبلا مساعدات. وأوضح صامويل أن معظم الموجودين الآن حضروا من الشمالية ومن كردفان وسنار وغيره في طريقهم الى أويل بولاية بحر الغزال، ولكن حكومة الشمال وفرت لنا المأوي ونحن كسلاطيين ناشدنا حكومة الجنوب عبر سفارتها بالخرطوم ولكن لا حياة لمن تنادي حيث وصلت الوفيات إلى أكثر من «29» شخصاً. وناشد صامويل حكومة الجنوب أن تسرع في ترحيلنا الى الجنوب بأية وسيلة حتى نصل الى الرنك، ومن هنالك كل مجموعة تذهب الى ولايتها. وأوضح الأستاذ إسماعيل كنو مدير مفوضية الإسكان ل«الإنتباهة» أن العمل تحول إلى ما يسمى بمركز النزوح للعودة الطوعية وأن الأمراض المنتشرة في داخل المعسكر هي أمر طبيعي لأن هؤلاء الجنوبيين في ظل وضع إنساني استثنائي، ولذلك من الطبيعي أن يتفشى أي مرض داخل المعسكر، ولكن لا توجد احصائيات دقيقة تؤكد حجم الأمراض المتفشية وقد يؤدي هذا إلى تفاقم الأزمة لتصبح كارثة صحية.
