في ظل سعي قيادة دولتي الشمال والجنوب إلى تنفيذ الاتفاقيات الاقتصادية بعد القناعة بضرورة التبادل الاقتصادي بين الدولتين عقب الاستفتاء الشعبي لمواطني الجنوب في يناير 2011 وانفصال دولة الجنوب التي واجهتها العديد من العقبات الاقتصادية لجهة أن الجنوب يفتقر إلى السلع الأساسية إلا أن هنالك عدة تحديات تواجه هذه المساعي لتقف حجر عثرة في المضي قدماً حول التنفيذ أهمها جدية الطرفين وتجاوز المشكلات الأمنية وفي تصريحات صحفية عديدة لمسؤولين بحكومة المؤتمر الوطني أكدت أن السودان يصدر إلى الجنوب سلعاً غذائية وغيرها حتى الرمل والطوب على الرغم من أن الاتفاقيات ذكرت تصدير «172» سلعة، غير أن الحقائق أكدت أن السودان يصدِّر حوالى «600» سلعة، في ظل توقعات الحكومة بأن يتضاعف حجم التبادل التجاري للسلع مع جنوب السودان ليصل إلى (14) ألف طن يومياً بعد فتح الحدود أمام حركة البضائع مقارنة ب (7) آلاف طن قبل حدوث الانفصال، ليصبح بذلك أكبر الدول المصدرة للجنوب له مدلولات اقتصادية كبيرة في تحول الدولتين من حالة المشاكسات الكلامية إن لم تكن حربية إلى حالة الاستقرار الاقتصادي والعمل على مصالح شعبي الدولتين وتشير الإحصائيات أن كينيا تعتبر من أكبر الدول المصدرة للجنوب حالياً بقيمة تبادل يبلغ ملياري دولار، تليها يوغندا ب1.5 مليار دولار سنوياً، ومما يسهم في دفع العملية الاقتصادية بينهما، فتح المعابر مؤهلة للعمل كميناء كوستي الجاف والنهري الاتفاق بين الدولتين على فتح (10) نقاط للعبور بين الطرفين وتحريك العديد من قطاعات الاقتصاد السوداني النقل النهري والبري المقاولين والصناعات وسيساهم في فتح أسواق أخرى للمنتجات السودانية مشيراً إلى استعداد التجار لاستئناف أنشطتهم عند فتح المعابر الحدودية بين البلدين الخبير الاقتصادي حسن ساتي أكد في حديثه ل (الإنتباهة) أن أي حديث يدور حول تبادل تجاري بين الجنوب والشمال يقع رهينة للعلاقات السياسية بينهما وقال كثر الحديث عن العلاقات الاقتصادية وتوقيع العديد من الاتفاقيات في فترات ماضية دون تفيذها على أرض الواقع مشيراً إلى أن دولة الجنوب تحتاج إلى الشمال في كثير من السلع الأساسية، ويرى مراقبون أن حجم التبادل التجاري المتوقع مع دولة جنوب السودان يقدر بحوالى 600 إلى 700 مليون دولار سنوياً لحركة السلع والبضائع دون البترول لجهة أن جميع البضائع والسلع التي تصدر إلى دولة جنوب السودان تمثل منتجات سودانية من بينها الدقيق السكر، الذرة، والتوابل، الخضروات، مواد البناء واعتبروا أن فتح المعابر وتطبيع العلاقات الاقتصادية بين البلدين يساهم في حلحلة الاشكاليات العالقة، لا سيما أن الأنشطة الاقتصادية المختلفة على الحدود بين البلدين والتي تشمل تجارة، زراعة، ثروة حيوانية، مراعي تحقق المصالح الاقتصادية المشتركة وطالبوا بضرورة خلق تسهيلات من قبل الحكومة للمصدرين ولحركة انسياب البضائع بين البلدين في ظل وجود حقيقة ماثلة بأن معظم التجارة لدولة الجنوب تقوم على أفراد وليس شركات.