اعتزل المعتز بالله محمد أحمد ممارسة السياسة بعد ثورة 1989بعد أن عمل في عدة صحف وهاجر إلى مصر في 1991م، وكان يرغب في الهجرة إلى ألمانيا إلا أنه وحسب حديثه ل «زووم» أثناء محاولته تكملة إجراءات السفر وفي أحد الأيام في بداية 1992 فوجئ بأفراد من الأمن المصري يعتقلونه وبعد تعذيب شديد في المعتقلات المصرية مابين قسم «الدقي» وسجن «المزرعة» و قلعة «محمد علي» وهي مخصصة لاعتقالات الجماعات الإسلامية وُجِّهت له اتهامات بالتجسس والإرهاب و تقويض النظام، ودليلهم على ذلك أنه «يؤدي صلواته الخمس بالمسجد»! وكانت وقتها العلاقات السودانية المصرية سيئة جدًا لذا اُتُّهم بأنه جاسوس للنظام السوداني وأنه مكلَّف بإدارة شبكات في مصر لصالحه وحُكم عليه بعشر سنوات سجن، وبعد جهود كبيرة أسقطت نيابة الدولة المصرية العليا عنه التهمة إلا أنها لم تطلق سراحه فقضى عام 1995 بسجن «الترحيلات» بمصر، وبعد أن تأكدوا من عدم علاقته بالجماعات الإسلامية عرضوا عليه العمل لصالح النظام المصري آنذاك وأن يعيش في مصر، إلا أنه رفض وعاد أدراجه إلى السودان ليعمل أعمالاً متفرقة ليعول أسرته منها. مرت الأيام ومرضت ابنته الصغرى وقرر القمسيون الطبي علاجها بمصر فوجدها فرصة ليتعالج هو الآخر من بعض الأمراض، وقد حال ضيق اليد دونه والسعي لعلاجها فأكمل إجراءاته وسافر ولكن ما إن هبطت الطائرة بمطار القاهرة وبعد أن سلم أمن المطار جوازه للإجراء الروتيني المعروف فوجئ بهم يستدعونه وأدخلوه أحد المكاتب بدعوى أن جوازه لا يحمل تأشيرة دخول ثم اقتيد إلى أحد المعتقلات فوجد عشرات السودانيين المحتجَزين، ولما كان جهاز الأمن المصري لم يتم تغييره الآن بعد سقوط مبارك فقد مارسوا عليه ضغطًا كبيرًا وإساءات طالت النظام السوداني حسب روايته، وبينما هو في المعتقل كان عدد السودانيين المعتقلين بواسطة قوات الأمن يتضاعف وكانت ذات الأسئله في التحقيقات توجَّه إليهم حيث إن الجهاز يعتقد أن النظام السوداني ساعد على سقوط نظام مبارك حسب معتز الذي اتصل بطبيبه بالمستشفى خفية، وتدخل الطبيب المسؤول من الأسر العريقة بمصر وتم إخلاء سبيله و ترحيله إلى السودان بعد أن شُطبت كل التأشيرات بجوازه فعاد من غير تأشيرة خروج من مصر أي كأنه لم يدخلها، والسلطات السودانية لم تُعِر الموضوع اهتمامًا بالمطار، إلا أنه فور وصوله ذهب لمكاتب الأمن السوداني وأخبرهم بأن 170 سودانيًا محتجزون بمكاتب الأمن المصري الذي يستهتر بالسفارة السودانية ويصفها بالعاجزة تجاه قرارت الأمن، كما قال العميد الذي حقق مع المحتجزين، عاد المعتز ولم يعالج نفسه ولا ابنته وقامت سلطات الأمن بتجريده من مبلغ العلاج، عاد وهو يناشد الجهات المسؤولة الإسراع لفك أسر السودانيين المحتجزين هناك.