رجح الدكتور نافع على نافع مساعد الرئيس السودانى، نائب رئيس المؤتمر الوطنى لشئون الحزب، أن يكون الانفصال هو نتيجة الاستفتاء المقبل على تقرير مصير جنوب السودان، وأكد أن شمال البلاد لن يتعرض لأى هزات إن حدث انفصال الجنوب، قائلا، "إن بترول الشمال أكثر من بترول الجنوب مع وجود الكثير من الثروات الأخرى". جاء ذلك فى كلمة له الليلة فى ختام فعاليات ملتقى أمناء أمانات المنظمات بالولايات تحت شعار، "دور المنظمات الوطنية فى المرحلة القادمة"، واتهم "الحركة الشعبية" بأنها المسئول الأول عن انفصال الجنوب إن حدث "لأنها تجاوزت نصوص اتفاق السلام الشامل الذى نص على الدعوة للتبشير للوحدة بينما أصبحت الحركة تدعو وتبشر بالانفصال، ولأن الحركة اشترطت حكم كل السودان شرطا للوحدة ". وفند نافع الادعاءات بأن المؤتمر الوطنى أو الحكومة لم يفعلا شيئا كبيرا لتحقيق وحدة السودان، وقال إن الحكومة والمؤتمر الوطنى سعيا إلى التنمية والتواصل مع الجنوب، إلا أن الحركة الشعبية لم ترد ذلك - كما قال. وأضاف أنه لولا الحكومة والمؤتمر الوطنى لذهب السودان كله وتفتت، مبينا أن "حكومة الإنقاذ" وحدها هى التى تصدت بكل شجاعة لحل مشكلة الجنوب، وأقرت النظام الفيدرالى وحققت السلام فى حين عجزت كل الأنظمة التى سبقتها عن تحقيق ذلك.