حذّر خبراء وأكاديميون من عدة نقاط خلافية بين الشريكين قالوا ان من شأنها ان تعيد البلاد لمربع « الحرب»، واجملوها في مسألة الحدود، وابيي ،والجنسية ،والبترول ومياه النيل، واعتبروها كروت ضغط يملك كل طرف نصيبا منها. ووصف الخبير الوطني محمد احمد سالم الانفصال بأنه» جراحة مؤلمة للعنصر الجنوبي» ، وحذّر من مغبة حدوث اقتتال على الحدود إن لم تُحسم عبر ترسيمها قبل الاستفتاء ،وقال ان عدم ترسيم الحدود»يعني ان يصبح الجنوب دولة بلا حدود مثل اسرائيل». وحمل سالم، في ندوة مركز الراصد للدراسات السياسية والاستراتيجية بعنوان «الاستفتاء،تحديات التنفيذ والمآلات المتوقعة» بمقر المركز بالعمارات بحضور لفيف من الخبراء والاكاديميين،حمل الحركة الشعبية مسؤولية اجراء استفتاء حر ونزيه . ولم يستبعد المحلل الاكاديمي بروفيسور الطيب زين العابدين ان توافق الحركة الشعبية على تأجيل الاستفتاء شرط ان يكون الداعي للتأجيل اسباب فنية لوجستية وليست سياسية، منوهاً الى أن وجود أي شك في مصداقية الاستفتاء يعتبر تحدياً للطرفين والمجتمع الدولي، وتوقع زين العابدين ان يحدث انفصال مقبول للحركة الشعبية ومطعون فيه من المؤتمر الوطني.