أكد وزير الري المصري الدكتور محمد نصر الدين علام، أن هناك توافقاً فى الرأي بين مصر والسودان وحكومة الجنوب على استكمال قناة جونقلى فى أقرب وقت ممكن، واعتبر اعادة استكمال حفر القناة، من أهم مشروعات التكامل بين مصر والسودان،مشيراً الى ان المشروع سيكون له تأثير كبير على التنمية الزراعية فى مصر والسودان، لأنه سيعمل على تأمين تدفق 4.7 مليار متر مكعب من المياه سنوياً، تقسم بالتساوى بين البلدين، وقال ان مصر تنتظر حتى تتضح الرؤية فى السودان لاعادة استئناف المناقشات حول اعادة العمل بالمشروع، لكن لم يتم تحديد موعد لاستئناف العمل حتى الآن. يذكر أن المشروع توقف بسبب نشوب الحرب الأهلية ، بعد أن تم حفر 260 كم من اجمالى 360 كم، وهناك أنباء ترددت عن وجود عرض اسرائيلى بتحمل نفقات حفر القناة نظير الحصول على حصة من مياه النيل، وهو الأمر الذى أكد وزير الري استحالة حدوثه، أو قبول مصر به. وتضمن المشروع فى مرحلته الأولى حفر قناة جونقلى التى توفر نحو 3.8 مليار متر مكعب سنويا، أما المرحلة الثانية، والتى سوف تضاعف حصيلة المياه فيقتضى الاتفاق فيها مع دول هضبة البحيرات الاستوائية، ومن ثم فهو مؤجل حتى تنتهى المرحلة الأولى. وتمتد المنطقة التى سوف تتأثر بتنفيذ مشروع جونقلى من «بور» الى أقصى الشمال فى كوستى، غير أن درجة الشعور بآثار المشروع، سوف تختلف تبعا لكل مرحلة من مراحل المشروع، ويسكن منطقة مشروع جونقلى التى سوف تتأثر مباشرة بانشاء القناة ، شعوب وقبائل الدينكا والنوير والشلك، ويبلغ مجموع السكان فى منطقة المشروع حوالى مليوني نسمة.