اتفق السودان ومصر، على إرجاء المباحثات حول استكمال قناة جونقلي حتى موعد إجراء الاستفتاء على انفصال جنوب السودان، حسب تصريحات صحفية لوزير الموارد المائية والري المصري، محمد نصرالدين علام. وأكد علام أن هناك اتفاقا كاملا بين الحكومة السودانية والمصرية بشأن استكمال حفر قناة جونقلي، للاستفادة من المشروع فى التنمية الزراعية، وتأمين تدفق 4.7 مليار متر مكعب من المياه سنويا وتقسيمها بين البلدين. وقال مصدر حكومي مطلع فى ملف حوض النيل ل»الشروق» المصرية «ليس هناك خلاف أو اتفاق بين الحكومتين المصرية والسودانية بشأن استكمال مشروع قناة جونقلي»، مؤكدا عدم إمكانية فتح الحوار حول هذا المشروع قبل إجراء الاستفتاء. وأوضح المصدر الذى فضل عدم الكشف عن هويته أن الحرب الأهلية التى تسببت فى إيقاف حفر القناة بجنوب السودان، لن تراعى أية ضمانات دولية لاستكمال المشروع، ولا يمكن التوصل لقرار نهائي بشأنها إلا بإرادة شعب جنوب السودان نفسه.