أصدر وزير الري والموارد المائية المصري محمد نصر الدين علام قراراً، بتشكيل لجنة استكشافية لتفقد الحالة الراهنة لمشروع قناة جونقلي بجنوب السودان، وإعداد تقرير فني شامل حول إمكانية استئناف العمل في المشروع بالتنسيق مع السودان. وأكد وزير الري المصري، بحسب الموقع الإلكتروني لهيئة الاستعلامات المصرية، أهمية قناة جونقلي بالنسبة للبلدين باعتبارها مشروعاً استراتيجياً مهماً في تدبير موارد مائية إضافية للدولتين والتي تفقد في المستنقعات. وأوضح أن المشروع يحقق فائدة مائية تقدر بنحو أربعة مليارات متر مكعب في مرحلته الأولى، وبعد تنفيذ المرحلة الثانية تصبح الفائدة سبعة مليارات تقسم مناصفة بين البلدين إلى جانب تنمية المنطقة المحيطة بالقناة عبر استصلاح أراضي وبناء مدارس ومستشفيات وموارد لمياه الشرب. تحفظات الجنوب لا تزال قائمة وحسب علام فإن اللجنة يرأسها رئيس بعثة الري المصري بالخرطوم عبد العاطي السمان. وأشار الوزير إلى أن اللجنة ستبدأ عملها أوائل أكتوبر المقبل بلقاء مسئول حكومة جنوب السودان لتحديد توقيت الزيارات الميدانية للجنة حتى تتمكن من تفقد مواقع القناة على الطبيعة والبالغ طولها 365 كيلو متراً، عندما تم توقف العمل فيها بنسبة 70% من أعمال الحفر. لكن حكومة جنوب السودان أعلنت أن تحفظاتها ما زالت باقية بشأن مشروع قناة جونقلي، الذي تموله الحكومة المصرية. وقال وزير الري والموارد المائية في حكومة الجنوب، جوزيف دوير، ل"مرايا اف ام" إن التحفظات تتركز في الجوانب السياسية والاقتصادية والآثار البيئية والاجتماعية، مؤكداً أنه يمكن تجاوزها بالمزيد من التفاهم بين الجانبين. " قناة جونقلي تهدف الى الاستفادة من المياه المتبخرة بمنطقة سدود ومستنقعات بحر الجبل، لتلبية الحاجة للمياه في ظل التزايد السكاني المضطرد في السودان ومصر " حرب الجنوب أوقفت حفر القناة وجاء التفكير في قناة جونقلي للاستفادة من المياه المتبخرة بمنطقة سدود ومستنقعات بحر الجبل لتلبية الحاجة للمياه في ظل التزايد السكاني المضطرد في السودان ومصر وذلك بعد دراسات وبحوث مكثفة بدأت في 1947 وانتهت في عام 1977. وعقب عدة محاولات جاءت التوصيات بحفر خط مائي يربط بين منبع القناة ببلدة جونقلي وحتى المصب عند فم السوباط بالقرب من ملكال. بيد أن اندلاع الحرب الأهلية بجنوب السودان في منتصف ثمانينيات القرن الماضي، قاد الى توقف العمل في حفر القناة. وكانت هناك عدة خطوط مقترحة لشق قناة وتوصل صُنّاع القرار إلى التركيز على خط يربط بين فم السوباط قرب ملكال وقرية جونقلي عند نهر أثيم بمناطق قبيلة الدينكا بالقرب من مدينة بور. 360 كلم طول قناة جونقلي ويبلغ الخط الموصى به لقناة جونقلي بور ملكال 360 كيلو متراً بينما الخط القديم الذي يبدأ من قرية جونقلي وحتى ملكال يبلغ طوله 280 كيلومتراً وكان تكلفة تنفيذه عالية جداً بالمقارنة بالخط الجديد نسبة لإضافة تكلفة أعمال السدود والجسور التي ستقام على جانبي نهر أثيم، ويمتاز الخط الجديد بأنه يمر عبر القرى المركزية على طول خط القناة وتستفيد منه القبائل النيلية الثلاث "الشلك والنوير والدينكا". ونفذت الشركة الفرنسية التي فازت بعطاء المشروع الجزء الأكبر بحفر 260 كلم، لكن توقف العمل عند قرية "الكونقر" نتيجة نشوب الحرب عام 1983 بين الحركة الشعبية بقيادة جون قرنق والحكومة السودانية. وفي يناير 2005م جرى توقيع اتفاق نيفاشا للسلام في جنوب السودان.